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时间行政区划1120年北宋政府将澎湖及其附属的台湾岛、钓鱼岛及其附属岛屿划归福建泉州。1171年南宋政府将澎湖划归福建路晋江县（今福建泉州晋江）管辖。时间行政区划元后至元年间（1335年至1340年）元朝政府在澎湖正式设澎湖巡检司，隶属江浙等处行中书省福建道宣慰司泉州路晋江县（今属福建泉州）。时间行政区划1388年明朝政府废除澎湖巡检司。1563年明朝政府复设澎湖巡检司。时间行政区划1662年改赤崁地方（今台南中西）为东都明京，设一府二县，府为承天府，县为天兴县（今台南南部）、万年县（今台南、高雄）；改热兰遮城（今台南安平）所在的大员岛为安平镇。地方区划为府、县二级制，镇与县同级。承天府设于东都明京，其范围包括此城的北方庭园，直至德庆溪。万年县署设在土墼埕。二县以福安溪为界。1664年郑经改东都为东宁，改二县为二州；设三个安抚司：南路（今台南佳里）、北路（今高雄左营）、澎湖。另在半线（今彰化）、鸡笼（今基隆）、淡水（今属新北）亦设安抚司。承天府与天兴州、万年州平行。时间行政区划隶属福建省时期康熙一府三县1684年设立了台厦道，台湾与厦门共署，并同时隶属于当时的福建省。道为清朝行政区划之一，其地位在省与府之间，而总管厦门与台湾的台厦道道署设于厦门。台湾岛方面，设一府三县。以原承天府（今台南）设台湾府和附郭台湾县，以天兴州设诸罗县，以万年州设凤山县；诸罗县暂治台湾府城；凤山县治兴隆庄（今高雄左营）。1704年诸罗县移治诸罗山（今嘉义）。雍正一府四县一厅1723年台厦道更名为台湾道，下辖一府四县一厅。析诸罗县置彰化县、淡水厅（今新竹市）；彰化县治半线（今彰化）；淡水厅暂治沙辘社（今台中沙鹿）。一府四县二厅1727年台湾道正式与厦门分离，并将道署移署于台南，设一府四县二厅。析台湾县设澎湖厅，治妈宫（今马公）。1731年彰化县的大甲溪以北正式划归淡水厅。乾隆1756年淡水厅移治竹堑（今新竹）。1766年增设南路理番同知和北路理番同知，处理汉族与少数民族交涉事务。1787年诸罗县改名嘉义县。1788年凤山县移治埤头庄（今高雄凤山）。嘉庆1806年凤山县移治兴隆庄（今高雄左营）。一府四县三厅1812年设噶玛兰厅，治五围（今宜兰）。钓鱼岛及其附属岛屿隶属噶玛兰厅管辖。道光1826年凤山县移治埤头庄（今高雄凤山）。光绪二府八县四厅1875年增设台北府，附郭淡水县（原淡水厅析出）；另辖基隆厅（原淡水厅析出），治基隆；新竹县（原淡水厅），治新竹；宜兰县（原噶玛兰厅）。原台湾府辖台湾县；嘉义县；彰化县；埔里社厅，治埔里社（今南投县埔里镇）；凤山县；恒春县（原凤山县析出），治琅峤（今屏东恒春）；澎湖厅；卑南厅，治卑南（今台东）。1885年台湾建省后光绪三府十一县三厅一直隶州1887年台湾建省行政工作完成，全称福建台湾省；原台湾府改名台南府；新设台湾府于桥孜图（今台中），为台湾省省会；原卑南厅升格为台东直隶州。台北府附郭淡水县；另辖基隆厅；新竹县；宜兰县。台湾府附郭台湾县；另辖苗栗县（原新竹县析出），治苗栗；彰化县；埔里社厅；云林县（原嘉义县析出），治林杞埔（今南投县竹山镇） 。台南府附郭安平县（原台湾县）；另辖嘉义县；凤山县；恒春县；澎湖厅。台东直隶州计划治水尾（今花莲县瑞穗乡），暂治卑南（今台东）。1894年云林县移治斗六门（今斗六）。台湾省省会移到台北府（今台北市、新北市、基隆市、桃园市、宜兰县、新竹县和新竹市）。
主词条：台湾名称的演变时间行政区划1945年1945年中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利后，10月25日台湾光复。国民政府恢复台湾省建制，台湾省行政长官公署成为台湾省的最高行政机关。台湾省行政长官公署分设8县（台北县、新竹县、台中县、台南县、高雄县、花莲县、台东县、澎湖县）、9个省辖市（基隆市、台北市、新竹市、台中市、彰化市、嘉义市、台南市、高雄市、屏东市）与2个县辖市（宜兰市、花莲市）。台湾省省会设于台北市。1947年国民政府撤销台湾省行政长官公署，改组为台湾省政府。1950年台湾当局颁布《台湾省各县市实施地方自治纲要》，将台湾省划分为5省辖市（台北市、基隆市、台中市、台南市、高雄市）、16县（台北县、宜兰县、桃园县、新竹县、苗栗县、彰化县、台中县、南投县、台南县、嘉义县、云林县、高雄县、屏东县、台东县、花莲县、澎湖县）、1管理局（阳明山管理局），乡镇县辖市直接隶属县。1967年台北市改为台湾当局“直辖市”（大陆视为台湾省下辖地级市）。1968年台北市纳入台北县北投、士林（阳明山管理局）、内湖、南港、景美、木栅6乡镇。1979年高雄市改为直辖市台湾当局“直辖市”（大陆视为台湾省下辖地级市），同时高雄县小港乡划归高雄市。另海南省的东沙群岛、南沙太平岛与中洲岛被台湾当局划归高雄市代管。1982年新竹、嘉义2个县辖市升格为省辖市（大陆视为台湾省下辖县级市）。2010年新北市（原台北县）、台中市（原台中县市合并）、台南市（原台南县市合并）、高雄市（原高雄县市合并）4个台湾当局“直辖市”（大陆视为台湾省下辖地级市）成立。2014年桃园市（原桃园县）成为第6个台湾当局“直辖市”（大陆视为台湾省下辖地级市）。2014年起至今在中华人民共和国大陆地区出版的地图中，将台湾省划分为9市（其中6市以地级行政区的符号标示，即台北市、新北市、桃园市、台中市、台南市、高雄市6个台湾当局“直辖市”；3市以县级行政区的符号标示，即基隆市、新竹市、嘉义市3个台湾当局所设的“市”）和11县（新竹县、宜兰县、苗栗县、彰化县、云林县、南投县、嘉义县、屏东县、台东县、花莲县、澎湖县）。台湾省省会是台北市。
“台湾”（汉语拼音：Táiwān）一名源于台湾南部少数民族“台窝湾”社的社名，意为滨海之地，开发台湾的福建省移民依闽南语将此名译写为“大员”“台员”“大湾”等，后定名为“台湾”。明朝万历年间官方正式在公文中使用“台湾”名称，但直到明朝“台湾”指代的都是台湾省台南地区。清朝时官方才将全岛正式定名“台湾”，并设隶属于福建省的“台湾府”，在光绪年代之前是台湾唯一的“府”，1885年设台湾省。台湾省的简称取省份名首字“台”。右图（手机版为上图）上方为“台湾”名称的繁体字正式书写，在台湾地区官方文件和教科书等正式场合中使用；下方的书写中，原本繁体的“台”字采用了同音的异体字，因而和简体汉字相一致，这种写法广泛地用于台湾民间与媒体。演变
台湾省的名称在历朝历代屡有变更。汉朝和三国时期称“夷洲”；隋朝与唐朝时称“流求”；宋朝时称“流求”或“琉求”；元朝时称“琉求”或“瑠求”；明朝洪武年间称“小琉球”。明朝中期以后民间对台湾的称呼很多，如“鸡笼山”（指台湾北部）、“北港”（台湾西部沿海的通称）、“大员”、“台员”，而1558年的明朝官方文书《明神宗实录》中称台湾为“东番”。郑成功改称“东都”，后郑经改为“东宁”。清朝更名为“台湾”，并设置台湾府，隶属于福建省，这是台湾的正式定名。别称台湾由于物产丰富，自然环境优越，又称“宝岛”。国际场合
联合国、世界经济论坛、国际标准化组织、世界银行、国际货币基金组织、国际篮球联合会等国际组织使用“中国台湾”（英语：Taiwan, China）或“中国台湾省”（英语：Taiwan, Province of China）一词作为台湾省的名称。台湾省在奥运会等国际体育赛事和亚太经合组织、经济合作发展组织等国际组织的名称为“中国台北”（英语：Chinese Taipei）。台湾省在世界贸易组织中的名称为“台湾、澎湖、金门、马祖单独关税区”，简称“中国台北单独关税区”。
远古时代，台湾与大陆相连，后来因地壳运动，相连接的部分沉入海中，形成台湾海峡，出现台湾岛。台湾史前时期的考古文化遗存与中国大陆东南地区文化有着密切的渊源关系，台湾史前时期的人类主要是通过台湾海峡南部的“东山陆桥”从中国东南福建迁入。
据古文献记载，中国大陆军民东渡台湾，垦拓、经营台湾岛，最早可追溯到三国时期。230年，三国吴王孙权派1万官兵到达“夷洲”（今台湾），吴人沈莹所著《临海水土志》留下了世界上对台湾最早的记述。到了6世纪末、7世纪初的隋代，隋炀帝曾3次派人到台湾，“访察异俗”，“慰抚”当地居民。此后由唐到宋的600年间，大陆沿海人民，特别是福建泉州、漳州一带居民，为了躲避战乱兵祸，纷纷流入澎湖或迁至台湾，从事垦拓。北宋时，至少在宣和二年（1120年），福建泉州的行政区划包括澎湖及其附属的台湾岛、钓鱼岛及其附属岛屿。南宋时，澎湖划归福建泉州晋江县管辖。大陆和台湾之间在经济、政治、文化等方面的联系日渐频繁。
元代进一步加强了对台湾的管理。1292年（元至元二十九年），元世祖忽必烈派海船副万户杨祥、礼部员外郎吴志斗和珍部员外郎阮监到台湾“宣抚”。1335年至1340年（元后至元年间），元朝正式在澎湖设“巡检司”，管辖澎湖、台湾民政，隶属福建泉州晋江县（今属泉州）。中国在台湾设立专门政权机构，也自此开始。明朝以后，大陆与台湾的人民往来不绝。1402年至1424年（明成祖永乐年间），航海家“三宝太监”郑和率领庞大的舰队访问南洋各国，曾在台湾停留，给当地居民带去工艺品和农产品。至今民间传说高雄凤山的特产“三宝姜”，就是郑和遗留下来的。15世纪以后，倭寇不断骚扰中国东南沿海地区，明朝政府在澎湖增设“游击”，“春秋汛守”；同时在基隆、淡水二港驻屯军队。宋朝至明朝时，台湾（含澎湖列岛、钓鱼岛）由福建泉州管辖，元朝、明朝政府在澎湖设行政管理机构巡检司。明末，荷兰和西班牙侵占台湾。明末清初，早有林凤、袁进、李忠、李旦、颜思齐、郑芝龙等汉人集团经营开发台湾。明朝福建水师军官赵若思（秉鉴）于万历四十五年（1617年）曾经在台南赤崁修建城堡，实施管理，中国政府的管辖权已正式及于台湾本岛。
16世纪，西班牙、荷兰等西方殖民势力迅速发展，开始把触角伸向东方。17世纪初，荷兰殖民者趁明末农民起义和东北满族势力日益强大、明政府处境艰难之时，侵入台湾。不久，西班牙人侵占了台湾北部和东部的一些地区，后于1642年被荷兰人赶走，台湾沦为荷兰的殖民地。1652年9月，农民领袖郭怀一领导了一次较大规模的武装起义。
到17世纪20年代的明朝末叶，大陆居民开始大规模移居台湾。1628年（明崇祯元年），时值福建大旱，福建官府、颜思齐、郑芝龙组织闽粤居民迁居台湾，一面从事农耕、贸易，一面组织武装力量抗御倭寇和荷兰人的侵扰。17世纪末，大陆沿海赴台开拓者超过10万人。1644年，清军入关，在北京建立清朝政权。1661年（南明永历十五年、清顺治十八年）4月，郑成功以南明王朝招讨大将军的名义，率2.5万将士及数百艘战舰，由金门进军台湾。1662年（南明永历十六年、清康熙元年）2月，郑成功迫使荷兰总督揆一签字投降。郑成功收复台湾后仅4个月即病逝。郑氏祖孙三代治理台湾，奖励制糖、制盐，兴办工商业，发展贸易，开办学堂，改进高山族的农业生产方式。这些措施，推动了台湾经济、文化的迅速发展。这在台湾历史上是一个重要的开发和发展时期，史称“明郑时代”。
明郑政权末期与清政府处于军事对峙状态。1683年（清康熙二十二年）7月8日，清政府派福建水师提督施琅率水陆官兵2万余人、战船200余艘，从铜山向澎湖、台湾进发，郑军溃败。郑成功之孙郑克塽率众归顺清政府。1684年（清康熙二十三年），清政府设置分巡台厦兵备道及台湾府，隶属于福建省。1885年清朝设台湾省。1945年中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利，台湾重归中国主权管辖，台湾省建制恢复。1949年中国国民党退据台湾。至1811年（清嘉庆十六年），台湾人口已达190万，其中多数是来自福建、广东的移民。大量移民到达台湾，不仅带去了大陆先进的生产经验和技术，而且为台湾的开发提供了最重要的劳动力。他们与台湾的原有居民一起，经过辛勤的劳作，将台湾从一个大部分地区尚未开发的岛屿，建设成为一个经济相当繁荣的宝岛。这一过程大约经历了200年。
1840年鸦片战争后，西方列强逼迫中国开放通商口岸，19世纪60年代，台湾的部分地区相继开港。1874年（清同治十三年）1月，日军入侵台湾。10月，中日签订《北京专约》，《北京专约》仍表明中国对整个台湾行使主权。此后，清朝官员提出台湾设省的建议。1874年，清政府扩增台湾行政区划为二府八县四厅。1884年至1885年中法战争期间，法军进攻台湾，遭刘铭传率军重创。到1885年6月《中法新约》签定，法军被迫撤出台湾。
1885年（清光绪十一年）清政府将台湾划为单一行省，台湾省成为中国第20个行省，首任台湾省巡抚为刘铭传。刘铭传在任内，铺铁路，开矿山，架电线，造商轮，兴办企业，创设新学堂，把台湾社会经济文化的发展大大向前推进，一跃成为全国最先进的省份之一，首任台湾巡抚刘铭传因而被誉为“台湾近代化之父”。1894年日本发动甲午战争。1895年（清光绪二十一年），清政府战败，于4月17日被迫签订丧权辱国的《马关条约》，把台湾割让给日本。《马关条约》的签订，令举国震惊、悲愤。台湾同胞反对割台的斗争汹涌澎湃，大陆同胞反和约反割地斗争声势浩大。台湾遭受日本侵占50年。
1895年清政府割让台湾后，在内乏饷械、外无援兵的情况下，不甘作亡国奴的台湾人民和部分留台清军，对日本的占领进行了顽强抵抗。战斗从1895年6月开始，到10月台南陷落为止，历时5个月，台湾军民与日军进行了大小100余次战斗，抗击日本3个近代化师团和1支海军舰队，先后打死打伤日军3.2万多人。日本近卫师团有一半被消灭。民军和留台清军除少数人生还外，大部分战死，显示了保卫家园的坚强意志和浩然正气。这在中国近代反侵略战争史上极为壮烈，值得后人永远纪念。日本军国主义曾殖民统治台湾长达半个世纪，屠杀了65万台湾同胞，滔天罪行罄竹难书。1895年之后的整整50年里，台湾岛上的抗日烽火从未熄灭，台湾同胞重做“堂堂正正中国人”之心从未冷却，同日本殖民统治当局进行了可歌可泣的政治、军事、文化斗争，更有数万爱国台胞跨海回到祖国大陆，投身全民族抗日救亡运动，用鲜血和生命诠释了中国人的爱国情怀和民族气节，彰显了台湾同胞是中华民族大家庭中永不分离的成员。1943年12月1日，中、美、英三国在重庆、华盛顿、伦敦三地同时发表《开罗宣言》。关于台湾回归问题，《开罗宣言》的其主要内容是：中、美、英三国对日作战的目的在于制止和惩罚日本的侵略；“剥夺日本从第一次世界大战爆发后，在太平洋上夺得或占领的一切岛屿”，使日本强占的中国领土，例如东北地区、台湾和澎湖群岛等“归还中国”。1945年7月26日，中美英三国签署（后有苏联参加）《波茨坦公告》，重申“开罗宣言之条件必将实施，而日本之主权，必将限于本州、北海道、九州、四国及吾人所决定其他小岛之内”。1945年8月，日本在第二次世界大战中战败，8月15日宣布无条件投降，中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争取得胜利。10月25日，同盟国中国战区台湾省受降仪式于台北举行。至此，台湾、澎湖重归中国主权管辖之下。
1949年10月1日，新中国宣告诞生。在祖国大陆解放的前夕，蒋介石以及国民党的部分军政人员跑到台湾，他们依靠美国的庇护与支持，在台湾维持偏安局面，使台湾与祖国大陆再度处于分裂状态之中。海峡两岸虽然尚未统一，但中国的主权和领土完整从未分割，也不容分割。1979年1月1日，全国人民代表大会常务委员会发表了《告台湾同胞书》，代表全国各族人民的意志，郑重宣示了争取祖国和平统一的大政方针，提出了结束军事对峙状态，实现两岸同胞自由往来、通航通邮通商和开展经济文化交流等重要主张。2005年3月14日，十届全国人大三次会议通过《反分裂国家法》，为反对和遏制“台独”势力分裂国家、促进祖国和平统一提供了法律保障。
主词条：台湾史前时期、台湾文化古迹远古时期的海峡两岸
台湾同祖国大陆的渊源深厚而久远，福建与台湾相隔的台湾海峡最窄处（台湾省桃园市观音区白沙岬到福建省福州市平潭县海坛岛）仅约130千米。台湾海峡以大陆架为主，在地质上曾经发生过多次的海陆变化。根据地质学的研究，在1200万年以前，台湾属于中国东南区域的一部分，与福建陆地连接在一起，后来由于地壳运动的变化，距今一万年以来海平面不断上涨，台湾与中国大陆南部区域之间形成海峡，即台湾海峡，形成台湾岛。作为大陆架的延伸，台湾依然属于中国领土的一部分。但是在台湾与大陆之间，仍然存在一条可以徒步通行的跨海通道，即所谓的“东山陆桥”。在海峡两岸相连的远古时代，中国大陆的早期人类和其他许多大型哺乳动物，经过长途的艰难跋涉，从中国大陆东南移居台湾。台湾西部地区出土的剑齿虎、剑齿象、普通象、犀牛、野牛、野猪、大角鹿以及大陆独有的“四不像”等大型哺乳动物化石证明，这些古脊椎动物都不可能游泳过海，而是远古时期沿着大陆架迁徙到台湾的。原本连在一块陆地上的闽台，即使隔海相望后，经济文化上的交流也从未隔断。独木舟是远古人类渡海到台的交通工具。先民们熟悉海洋、驾驭海洋，共同创造了两岸同根同源的灿烂文化。
台湾的史前遗迹和史前文化
台湾省历史地图(81张)
从目前台湾学界的考古发掘资料看，台湾史前文化最早阶段出现于更新世晚期，距今约5万到3万年，与整个东亚、东南亚比较，可说属于旧石器时代的晚期阶段，亦有学者称为先陶文化阶段。台湾最早的文化为约在两万至两万五千年前的长滨文化（以八仙洞遗址最具代表性），这是在台湾东海岸所挖掘出来的旧石器时代晚期遗迹，当时台湾和中国大陆相连，人们过着采集、狩猎、捕鱼的生活。长滨文化共分四层，其中第三层，即为长滨文化层，属旧石器晚期。这批类同于祖国大陆旧石器时期珍贵的石、骨器等文物，将闽台两地的古人类与文化关系推进到旧石器时期。长滨文化在台湾东海岸一直持续到距今约5000年前后忽然消失。苗栗网形文化也属于旧石器时代文化，结束时间距今6000年左右。其后台湾所出现的新石器时代乃至金属器时代的文化，如大坌坑文化、台北圆山文化、营埔文化、台东卑南文化、台北十三行文化等，并不是由长滨文化和网形文化逐步演变发展出来。新石器时代的闽台文化同属于以“采贝经济”为主的海洋贝丘文化。福清东张遗址发现稻谷遗迹，台湾凤鼻头遗址陶片上有稻米的遗留，说明当时的闽台先民已经开始种植水稻，即在四五千年前的新石器时代晚期，闽台两地同步进入了农耕社会。台湾的早期史前文化，基本上是中国大陆南部区域文明的派生亚种，海峡两岸的文明关系从来就没有间断过。高山族和其他南岛语族的起源
台湾省最主要的少数民族高山族是台湾的先住民，属于南岛语系人群（又称南岛语族），起源于中国大陆南方的福建及其毗邻地区。至少在8400年前，组成现今东亚人群、南岛语系人群基因结构的主要祖先群体之一已经在中国东南沿海出现。“南岛语系”是19世纪末语言学家提出的语言学分类。经研究，南岛语系有超过1200多种语言；人口超过2.7亿人，学术上统称为“南岛语族”。距今大约6000年前，居住在中国大陆东南沿海的先民开始驾舟出海、逐浪而徙、第一站抵达中国台湾登岛而居，距今5000年左右扩散到菲律宾，之后继续向东向南迁徙，将文明的火种撒向广袤的太平洋和印度洋地区，形成了现在世界上最庞大分布于南太平洋及印度洋岛屿的南岛语族族群。根据古代DNA（脱氧核糖核酸）的分析研究成果，无论是2000到3000年前的台湾古代人群，还是现代台湾属于南岛语族的高山族，与包括海南岛在内的华南壮侗语人群共有的等位基因远超其他东亚人群，这表明壮侗语人群与南岛语族同源，为包括高山族在内的南岛语族来源于中国大陆提供了直接证据。
夏商时期，台湾属于九州中的扬州。闽台两地考古学者发现的商周时期文化遗址、遗物等，证实了远古时期海峡两岸经济文化关系十分密切，从福建输入的青铜器具提高了台湾的生产能力。
主词条：夷洲汉朝时期
记载东汉历史的纪传体史书《后汉书》有“夷洲”（今台湾）的记载。三国时期
230年（孙吴黄龙二年）春正月，吴大帝孙权派将军卫温、诸葛直率“甲士万人”抵达夷洲（今台湾），前后历时一年之久。卫温浮海求夷洲是中国古代航海史的一大壮举和创举，此次出海行动其出海人数和出海船只众多，是中国古代有史记载第一次最大规模的海上航行，意义重大，不仅反映了当时航海技术的发展和成熟，也证明当时孙吴拥有比较强的海外交通能力。卫温浮海求夷洲带动了内陆地区和台湾地区的政治、经济与文化联系，成功地到达夷洲也表明孙吴时期浙江沿海至台湾的航线是一条成熟的航线，卫温浮海求夷洲属于中国古代海上丝绸之路发展史上不可或缺的一段历史。三国东吴丹阳太守沈莹的《临海水土志》详细记载了当时台湾的方位、地形、气候、居民、物产、习俗，是世界上对台湾最早的记述之一。这些在汉朝和三国时期的文献记载表明，中国大陆不仅长期以来与台湾之间有着密切的种族与经济文化联系，而且有文献记载以来最早发现和开发台湾岛、澎湖列岛的也是中国人。以近现代国际法对于领土拥有的原则，台湾岛与澎湖列岛理所当然地归属于中国领土的一部分。
隋朝时期
隋唐时期，大陆和台湾的接触增多。隋炀帝先后3次派人前往流求（今台湾）。607年（隋大业三年），隋炀帝遣羽骑尉朱宽、海师何蛮至流求（今台湾）访察。608年（隋大业四年），隋炀帝令朱宽慰抚流求。610年（隋大业六年），隋炀帝遣武贲郎将陈棱、朝请大夫张镇州率军万余人自广东义安（今潮州）至流求，后返回至福建。根据《隋书》记载，隋代时，已常有商船从大陆到台湾，与当地居民通商贸易。《隋书·东夷传》详细描述了流求（今台湾）的地理与风俗，当时距隋朝访察流求（今台湾）才约30年，可知隋唐时期大陆与台湾在官方和民间层面都保持着密切的联系。唐朝时期
唐朝时，随着中原汉族人口大量南下，福建的开发日臻完成，大陆汉族人民也开始向台湾迁徙。唐朝中叶起，福建省漳州和泉州一带的居民就已经移入台湾省的澎湖列岛，并将澎湖当成临时的渔业基地和休憩地。2003年，在台湾省澎湖列岛的渔翁岛、中屯岛发掘出了“唐代花口矮圈足青瓷大碗”和宋仁宗年间的“天圣元宝”及“景佑元宝”。当时汉族居民在澎湖没有大型聚落，以捕鱼、采贝、蓄养或耕种为生，并且与福建沿海进行贸易往来。此时已有大陆的汉族居民移入台湾，但人数不多，也不定居。他们到台湾或从事捕鱼活动，或同少数民族进行交易，也有耕作的，主要是季节性的，春去秋回。根据考古发掘，台湾省新北市的十三行文化遗址曾出土汉唐时期的五铢钱、唐朝的开元通宝钱等九十几枚货币和唐宋时期的铜碗和瓷片等，证明中国大陆与台湾在这个时期有着密切的往来。明末，普陀山僧人华佑与其友萧客偕游台湾，自蛤仔难（今宜兰苏澳）入台，遍历台湾南北各地后，从诸罗（今嘉义）离台，投寄于福建安溪（今属泉州），最后华佑圆寂于此。从第一位入台僧人华佑的残稿中可以得知，当时已有不少汉人入台。华佑曾在里刘山（今花莲县木瓜溪以北）看见唐碑，书有分明可辨的“开元”二字，他还发现巴老臣番社（今花莲县新城乡嘉里村）的人能读《论语》《孝经》。
主词条：福建路、晋江县
宋朝到元朝正是福建海上贸易蓬勃发展的时期，当时福建泉州港的兴起、东南沿海地区航海业的发达和海外贸易的兴盛，令大陆移民东渡台湾更加便利。而福建人多地少的自然禀赋、闽南人口快速增长、战乱频仍、赋税苛刻繁重，令漳州和泉州一带的汉族人民不得不迁居到澎湖列岛和台湾岛，促进了澎湖和台湾本岛的初步开发。北宋时期
11至12世纪的北宋中叶，福建沿海渔民开始迁居到澎湖。北宋时期，福建泉州行政上管理澎湖群岛，而澎湖管辖台湾、钓鱼诸列岛屿（今钓鱼岛及其附属岛屿）。宋人王象之著《舆地论胜》引北宋宣和二年（公元1120年）泉州知州陆藻的 《泉州修城记》说：“泉州距京师五十有四驿站，连海外之国三十有六岛。”又在“环岛三十六”条下记载：“自泉州晋江东出海间，舟行三日抵澎湖。”此处的“连”，只能是指行政隶属的关系，即北宋时，至少在宣和二年的1120年时，泉州的行政区划包括“三十六岛”的澎湖及其附属的台湾岛、钓鱼岛列屿。“连”字在此，绝不是指自然地理的相连，因为不管是钓鱼岛列屿，还是台湾群岛、澎湖群岛都与泉州、晋江海洋阻隔而隔海相望。据有关谱牒资料记载，福建人向台湾本岛的最早移民为北宋末年福建省泉州市德化县的苏姓族人。汉人开拓澎湖后开始向台湾本岛发展，带去先进的生产技术。当时，因缺铁而贵铁的台湾少数民族用食物向来访的大陆汉族商人换取铁。南宋时期
南宋偏安江南，民间与台湾有更多的来往。1171年（南宋乾道七年），南宋将澎湖划归福建路晋江县（今福建泉州）管辖。南宋官府为了保护澎湖和泉州沿海居民，在泉州城东南沿海岸上地名水澳的永宁寨（今福建泉州石狮永宁镇）驻军屯守。宋朝对澎湖实行有效的管辖与治理，汉族人民在澎湖已有相当数量，和台湾本岛的联系也日渐频繁，海峡两岸关系已经十分密切。南宋爱国诗人陆游多年在福州任职，曾任“提举福建路常平茶盐”，主管茶、盐事物，在诗作《感昔》中写道“柁师指点说流求”，流求即今日的台湾，说明南宋时福建与台湾贸易频繁。台湾海峡有俗称“黑水沟”的凶恶海象，对于古代从大陆渡海来台湾的汉族移民来说充满严酷的考验，台湾谚语更用“十去，六死，三留，一回头”描述“黑水沟”海象的险恶程度。英勇无畏的沿海汉族百姓，付出了无数生命的代价，终于征服了狂暴的海洋，将海上荒陬化作人间乐土，开发了台湾省的澎湖列岛。他们在澎湖搭盖房屋，进行农耕和捕鱼，畜养山羊，“散食山谷间”，如果彼此发生争执，到晋江县（今属泉州）衙门审决，泉州的商船也经常到那里进行贸易。考古调查在澎湖发现了大量的宋代瓷片和宋代铜钱，也证实宋代确有大陆汉族人民迁居台澎地区。根据何乔远《闽书》引《宋志》记载：“澎湖屿在巨浸中，环岛三十六，人多侨寓其上，……有争讼者，取决于晋江县。府外贸易多数十艘，为泉外府”，说明宋朝时从泉州移居澎湖的闽南人逐渐增多，澎湖才一度被称为“泉州外府”。当时泉州已经设立市舶司，并成为宋朝对外贸易的主要港口，海上丝绸之路的发达使得海峡两岸的联系更为密切，一些福建闽南地区的家族开始移居台湾。以农民、渔民、商贩为主的汉族居民作为早期移民台湾的“主力”，开始不断遍及全岛各地，并与台湾当地的少数民族和睦相处。
主词条：澎湖巡检司
元朝时，中国中央政府进一步加强对台湾地区的管理，澎湖已得到较大的开发且有民居，汉族人民以澎湖为跳板移居到台湾本岛。台湾和大陆通商不断，也是大陆商舶往来南洋各国经常停留之处。1292年（元至元二十九年），元世祖忽必烈派海船副万户杨祥、礼部员外郎吴志斗和珍部员外郎阮监到台湾“宣抚”。1297年（元元贞三年），元成宗命令福建平章政事高兴派省都镇抚张浩、福州新军万户张进二人，率军招谕台湾，携当地居民100余人返回。后来，为了说服当地百姓归顺元朝，又让他们返回台湾。在一些闽南族谱中（如《永春岵山陈氏族谱》、《南安丰州陈氏族谱》）也有元代汉族居民移居台湾本岛的记载。1349年（元至正九年），记载台澎地区地理、风物、人情的《岛夷志略》成书，作者是曾访问琉球（今台湾）的元代航海家汪大渊。《岛夷志略》显示出汪大渊对台湾岛地理很熟悉，当时海峡两岸语言不通、风俗各异，因而有早已熟悉台湾岛环境的汉族居民为他做陪伴、引导。元朝时期的澎湖巡检司元后至元年间（1335年至1340年），元朝在澎湖设“澎湖巡检司”，管辖澎湖、台湾民政，还为政府征收盐税，隶属江浙等处行中书省福建道宣慰司泉州路晋江县（今属福建泉州），后因为行政区划的调整改隶福建等处行中书省，这是台湾地区的首次官署设置。中国中央政府在台湾地区设立专门政权机构，也自此开始。当时，汉族移民举家迁到台湾省的澎湖列岛，在澎湖安居乐业、生儿育女，已建立农业、手工业和畜牧业等较完整的产业体系。
主词条：澎湖巡检司、颜思齐、顺风相送明朝时期的澎湖巡检司
明代承继元代的地方行政体制，在明初时仍然在台湾省澎湖列岛设置澎湖巡检司，隶属于福建承宣布政使司泉州府晋江县（今属福建泉州）。
15世纪以后，倭寇不断骚扰中国东南沿海地区，明朝政府在台湾省的澎湖列岛增设“游击”，“春秋汛守”。1388年（明洪武二十一年），因东南沿海长年海盗、倭寇为患，澎湖成为盗寇巢穴，明太祖朱元璋实施海禁政策，并依部将汤和所请，撤澎湖巡检司，并把澎湖的大族迁到漳州、泉州一带。虽然朱元璋下令迁界移民，但是并不能阻止福建沿海人民继续迁居澎湖的趋势。明政府此举的目的原是要坚壁清野，防止倭寇及海盗等从海上得到接济，但结果却事与愿违。巡检司裁撤，居民内迁之后，倭寇以及海上铤而走险的不法之徒乘虚而入。1560年（明嘉靖三十九年），倭寇侵入澎湖、台湾。1563年（明嘉靖四十二年），俞大猷痛击占澎海贼与倭寇，将辅助部队驻于澎湖，明朝政府考量沿海治安等因素，依其所奏复设澎湖巡检司。1592年（明万历二十年），日本太阁（卸任关白）丰臣秀吉出兵侵略朝鲜，并传出有图谋侵略台湾鸡笼（今基隆）、淡水（今属新北）的消息，沿海戒严，明朝政府在澎湖布署兵力。鉴于台、澎战略地位的重要，1597年（明万历二十五年），在福建巡抚许孚远的建议之下，明朝政府在澎湖增设澎湖游兵以资防守。游兵并非常驻部队，而是属于洋面巡防部队；其军队编制为850名，哨船20艘。主要任务为在洋面巡防时，必须专至澎湖汛守。台澎地区成为中国防倭抗倭的前哨阵地。1616年（明万历四十四年），澎湖游兵整并入福建等处承宣布政使司泉州府浯屿水寨，改制成浯彭游兵。
明代对钓鱼岛的管辖
钓鱼岛等台湾岛附属岛屿是中国的固有领土。中国古代先民在经营海洋和从事海上渔业的实践中，最早发现钓鱼岛并予以命名。在中国古代文献中，钓鱼岛又称钓鱼屿、钓鱼台、钓鱼山。钓鱼岛海域是中国的传统渔场，中国渔民世世代代在该海域从事渔业生产活动。钓鱼岛作为航海标志，在历史上被中国东南沿海民众广泛利用。目前所见最早记载钓鱼岛、赤尾屿等地名的史籍，是成书于1403年（明永乐元年）的《顺风相送》。这表明，早在十四、十五世纪中国就已经发现并命名了钓鱼岛。明朝时，为防御东南沿海的倭寇，中国政府将钓鱼岛列入防区。1561年（明嘉靖四十年），明朝驻防东南沿海的最高将领胡宗宪主持、郑若曾编纂的《筹海图编》一书，明确将钓鱼岛等岛屿编入“沿海山沙图”，纳入明朝的海防范围内。1605年（明万历三十三年）徐必达等人绘制的《乾坤一统海防全图》及1621年（明天启元年）茅元仪绘制的中国海防图《武备志·海防二·福建沿海山沙图》，也将钓鱼岛等岛屿划入中国海疆之内。
明代对台湾、澎湖的管辖和开发
明朝时，大陆与台湾的人民往来不绝。根据《明史》记载，早在16世纪中叶，大陆民间具规模性的武装与商业集团已到台湾屯居、贸易，为台湾带来文明的曙光。尽管明朝军队尚未在台湾岛上长期固定驻防，但当时台湾已正式列入明朝军事防卫的区域内，成为中国海防的战略要地。
明代是中国历史上海洋发展的重要转折时期，相比唐宋元时期的开放政策，明官方出于海防安全的考虑，立国伊始便实施强硬的海禁体制，全面禁绝民间海上贸易和海洋活动，这对以海洋为根本的福建来说，无疑是釜底抽薪。为了生存和发展，走私贸易与民间海上武装力量活动在这一时期逐渐成为福建海上活动的主导。永乐年间，郑和率船队曾在台湾停留，给当地居民带去工艺品和农产品，至今民间传说高雄凤山的特产“三宝姜”，就是郑和遗留下来的。宣德年间，郑和船队曾到台湾西定坊大井头（今属台南市中西区）汲水，还曾投药于水给当地少数民族医病。1591年（明万历十九年），福建先民渡海来台，为求平安，恭请家乡的妈祖神像庇佑。先民由台湾鹿港登陆后，便在鹿港“船头仔”建庙奉祀妈祖神像。后来施琅将军攻台时从湄洲祖庙请来的妈祖神像，被视为“开台湄洲妈祖”，留在鹿港天后宫。1603年（明万历三十一年），明朝儒生陈第随浯屿将军沈有容前往东番（今台湾）剿捕倭寇之后，根据自己的亲身经历和实地采访记录写成《东番记》，记录了当时台湾的地形、港口、贸易与风俗，是台湾早期历史特别是高山族文化习俗史的重要文献之一。《东番记》特别提到明朝地方将吏曾有过在台湾设立府县等行政机构的计划。
明代中后期是中国东南海商最活跃的时期，随着东西方两大贸易体系及其文化的直接碰撞与交流，中国东南沿海的海商们，自然不会自动放弃控制东亚、东南亚区域的贸易权益。于是，台湾岛再次成为中国连接海外乃至欧洲的贸易重地。在十七世纪，中国的东南沿海海商依托着地理上的优势，成为这一广阔海域的贸易主导者。
明朝中叶起，随着私人海上贸易的发展，台澎地区又成为大陆海商的根据地，而且大陆渔民也经常到台湾海峡捕鱼，其中一部分人定居台澎地区，成为当地的居民。嘉靖、万历年间，活动在东南沿海的陈老、林道乾、林凤等著名海商集团都曾经以台澎地区为根据地，在台湾海峡从事私人海上贸易活动，而闽南人已经在台湾开辟了鸡笼（今基隆）、淡水（今属新北）这至少两处较大规模的台湾市镇。对于台湾作为我国东南海防要地的战略意义，明朝官员有深刻的体认。至少从明朝中叶起，明廷已将台湾视为大陆沿海漳泉一带的重要门户，也是东南海防的最前线，不容倭寇染指，并三次派兵深入台湾追剿海盗集团。福建巡抚黄承玄在《题琉球咨报倭情疏》及《条陈海防事宜疏》等奏折中也一再强调台澎地位重要，不容外人侵犯的立场。明朝万历末年，明廷福建官方已有在台湾驻兵屯垦实行管理及设置郡县的计划。1617年（明万历四十五年）八月之后至1618年（明万历四十六年）九月间，明朝水师军官、漳浦（今属福建漳州）人赵秉鉴（又名赵若思）就已经在台湾筑城“赤勘”（今属台南）。当时，台湾南部已经成了众多闽粤海上武装集团屯聚基地。赵秉鉴以明朝军官身份筑城赤勘之举表明，在1618年之前，福建军方已经在台湾岛设置了城堡，这代表着中国政府的管辖权已正式及于台湾岛。
17世纪20年代的明朝末叶，大陆居民开始大规模移居台湾，给台湾社会经济和文化的发展以极大推动。晋唐时期，中原汉人三次大规模南迁入闽，带来了大量的中原文化；明清时期，大陆民众去台湾开创基业，他们将祖地的生产技术、风俗礼仪传播到台湾，加速了台湾的开发；后来台湾人称大陆为“唐山”，称大陆人为“唐人”，称本姓在大陆的祖先为“唐山祖”。
颜思齐为明代晚期闽南海商集团首领之一，出生于福建省漳州府海澄县青礁村（今属厦门海沧）。时值全球大航海时代，福建官府和颜思齐率领郑成功的父亲郑芝龙等闽南海商和数千民众到台湾岛，在台湾魍港（另一说在笨港，今云林北港及嘉义新港地区）设立十寨作为据点，筑寨定居，开垦荒地。长期以来，颜思齐在两岸尤其是民间享有崇高地位，有着“开台王”之称。在台湾，许多颜思齐开台的历史遗迹和纪念场所至今犹存。1628年（明崇祯元年）前后，闽南连年大旱，百姓无以为生，福建官府和郑芝龙组织灾民数万到台湾垦荒定居，各地逐渐形成许多村落，这些村落后来发展成为诸罗外九庄（清政府治理台湾初期首先设置于诸罗县境内，已为移民开垦的北路村庄，位于今嘉义县）。台东县卑南等地区也有汉族移民。台湾自此进入大规模开发时期。在天启年间台湾被荷兰人侵占以前，汉族移民已遍布台湾各地，从事渔业、农业和商业活动，成为台湾岛的长住居民。
主词条：澎湖之战、台湾荷西殖民时期
随着15、16世纪的地理大发现及新航路的开辟，西班牙、荷兰等西方殖民势力开始向东方伸出触角。与此同时，中国正处于明朝末年国势衰败的多事之秋，东北局势紧张，内部统治岌岌可危。荷兰侵略台澎地区和澎湖之战（1604，1622-1625）
荷兰独立战争爆发后，荷兰人成立了荷兰东印度公司，发动一连串战争，以夺取西班牙、葡萄牙在亚洲的殖民地。后来，荷兰人在印度尼西亚的雅加达、安汶和日本平户等地陆续开设商馆，惟与中国贸易进展不顺。1604年（明万历三十二年），属于荷兰东印度公司的荷兰殖民者打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地，但因被葡萄牙人击退而失败。荷兰殖民者转而趁明军无汛兵防守时入侵台湾省的澎湖列岛，但明军将领沈有容率兵到澎湖，要求荷兰殖民者离开。荷兰殖民者迫于此压力下，且无法顺利与中国大陆贸易，因而离开。1622年（明天启二年），荷兰殖民者趁汛防澎湖的游兵回航，再次占领台湾省的澎湖列岛，还在风柜尾（荷兰人称为“教堂湾”）建立城堡，四个棱堡都架有大炮。1624年（明天启四年），明朝水师在澎湖海域集结一万兵力，战舰200艘，由福建巡抚南居益亲自督战，大军分三路齐进，包围了风柜尾城，对侵略澎湖的荷兰殖民者发动收复国土的战争。经过八个月激战，荷兰殖民者意识到凭借不足千人的力量无法与明军抗衡，便主动退出澎湖，并拆毁了风柜尾城的要塞和炮台，远遁台湾岛。澎湖之战保障了中国东南沿海的安全，使明朝人认识到福建沿海地区海防建设的重要性。收复澎湖后的1625年（明天启五年），明朝政府在澎湖增加了驻军，还提升澎湖驻军等级和兵饷，使澎湖的防卫能力大大增强，并加强了福建沿海地区卫所同澎湖地区的联系。
荷兰、西班牙侵占台湾岛
1624年（明天启四年），被中国军民逐出台湾澎湖的荷兰殖民者，为建立与中国大陆、日本、朝鲜半岛与南洋贸易的据点，又侵占了台湾南部，并在一鲲鯓（今台南安平）筑其殖民行政中心“热兰遮城”（今安平古堡），以此作为殖民统治中心。1626年（明天启六年），西班牙殖民者入侵台湾北部，在台湾北部的鸡笼（今基隆）与社寮岛（今基隆和平岛）筑城，并称之为“圣救主城”（即圣萨尔瓦多城），之后又占领蛤仔难（今宜兰），并在沪尾（今新北淡水）兴建“圣多明哥城”（今红毛城原址附近）。但西班牙殖民者无力驱逐荷兰人，也无法赚取足够的利润来维持驻军的花费，反而要靠其殖民地马尼拉补助北台湾的殖民扩张，因此在马尼拉经济衰退以后，西班牙殖民者就缩减驻军，给了荷兰人可乘之机。1642年（明崇祯十五年），荷兰取代西班牙占领台湾北部。
荷据时期的殖民统治（1624-1662）
由于当时明朝政府正面临农民大起义和东北后金政权强大的威胁的双重困境，已无力用兵闽海，进行驱荷复台的行动，而让荷兰殖民者在台湾的殖民统治延续了38年之久。为增加米、糖等农作物产量，荷兰殖民者招募福建沿海和澎湖居民迁往台湾开垦。1659年，台湾的汉人人口达到2.5万至3万人。荷兰殖民者实行强制统治，把土地据为已有，并对台湾人民进行残酷的经济剥削和严格的活动管制，强迫人民缴纳各种苛捐杂税，对汉族和高山族人民进行严密监视和控制，掠夺台湾的米、糖，将其收购的中国生丝、糖和瓷器经台湾转口运往各国，牟取高额利润。1650年左右，荷兰东印度公司在台湾的每年净收入约40亿荷兰盾（约4吨黄金）。在荷兰殖民者的残酷剥削和压榨下，台湾据点的获利位列当时荷兰东印度公司亚洲据点的第二名（仅次于日本），获利主要配送给公司股东。荷兰殖民者为了在精神上彻底奴役台湾人民，聘用了大量的荷兰基督新教归正宗的神职人员到台湾传教，以作为政治殖民统治的补充。
台湾人民的抗荷斗争
荷兰殖民者的横征暴敛和恶行累累让台湾人民陷入水深火热之中，激起了台湾各族人民的反抗。1629年与1636年，台湾高山族人民分别发起麻豆溪事件与萧垄事件两次大型武装起义。1652年，郭怀一领导了最大规模的一次武装起义，虽然最终被镇压，共有三千到四千人被荷兰殖民者所杀害，但表明荷兰殖民统治已出现危机。九年后，他们配合民族英雄郑成功驱逐荷兰人，收复了台湾。镇压起义之后，荷兰殖民者于今台南市中西区兴建商业中心“普罗民遮城”（今赤崁楼）以加强防范台湾人民的反抗。
主词条：郑成功收复台湾、明郑时期郑成功
明朝末年，世界处于海权勃兴的时代，而明朝则封闭海疆。在这样的背景下，郑芝龙以民间的力量建立起庞大的海上武装势力及船队，掌控福建往来台湾、日本及东南亚的贸易。1628年（明崇祯元年），郑芝龙受到明朝政府招抚，官至都督同知。郑成功是郑芝龙之子，原名郑森，1624年（明天启四年）生于日本九州平户（今日本长崎县平户市），六岁时回到闽南故乡居住读书，接受传统的儒家教育，少年时期考中秀才后被送往南京国子监深造，拜入江浙名儒钱谦益门下，钱谦益还是当时明朝的礼部尚书。1644年（明崇祯十七年），原为明将、镇守山海关的吴三桂带领清军入关，明朝覆灭。郑芝龙于1645年拥立唐王朱聿键在福州成立流亡的南明政权，是为隆武帝。郑芝龙曾经带着时年21岁的郑成功（当时还叫郑森）晋见隆武帝朱聿键，朱聿键见到郑成功仪表堂堂，便以大明国姓“朱”赐他，并为他取名“成功”，这是“国姓爷”和“郑成功”名号的由来。1646年，隆武帝在福建汀州（今福建龙岩长汀县）被清兵俘虏遇难，而郑芝龙虽然投降了清朝，但是并没有将他的海上武装势力及船队交给清政府，而是交给他的不愿投降的儿子郑成功。脱却儒衣换上戎装的郑成功，接手了父亲投降清朝之后所留下来的势力，于1647年在小金门（今福建金门县烈屿乡）誓师反清，并以金门、厦门、南澳、同安等闽南沿海一带为根据地起兵抗清，被南明永历帝封为“延平王”。许多闽南的贫农纷纷加入郑成功的行列，到了1658年他已经拥有战船约3000艘，兵力17万人。为了维持庞大的军政开支，坚持长期抗清，郑成功继承父亲开创的海上基业，大力发展海上贸易。他设立山海五大商行，将内地的商品贩运到海外，通过东西洋贸易，积累大量财富，实行“以商养战”。 郑成功海上贸易的主要对象是日本和东南亚各国。郑成功将生丝、丝织品、砂糖、瓷器、皮革、药材、手工艺品等输出海外，从日本和东南亚各国输入金、银、铜、刀和海货、山货、香料等。因为海上贸易的丰厚利润，郑成功才能在狭小的闽南沿海地区，拥有十余万装备精良的军队，与占据全国绝大部分地区的清朝统治者进行长达十余年艰苦卓绝的抗争。郑成功收复台湾（1661-1662）郑成功的实力渐大之后，于1659年进攻江宁府（今江苏南京），但最终被不断增援而来的清兵击退，于是他回师思明（今福建厦门和金门）大修船舰，倾力筹划驱逐侵据台湾的荷兰人，收复国土。
1661年（南明永历十五年、清顺治十八年）4月，郑成功留下部分兵力守卫思明，以“大明招讨大将军国姓”的名义率2.5万将士及数百艘战舰，从金门料罗湾出发，经澎湖向台湾进军。
4月30日，郑军在鹿耳门（今属台南）登陆，在民众积极支援下与荷军展开多次激战，在陆地上歼灭了荷兰上尉汤姆斯·贝德尔率领的240名精兵；在海上，郑军炸沉荷主力舰赫克托号，击退其余荷舰。5月4日，郑军收复荷兰人在台湾的两个城堡之一赤崁城，随后围攻另一城堡台湾城达九个多月，期间打退了荷兰殖民者从巴达维亚调集的援军，并拒绝荷兰人企图用金钱利益收买郑成功退兵的要求，最终将荷兰东印度公司台湾长官揆一和残敌围困在热兰遮城内。郑成功在致揆一的“谕降书”中严正指出：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也，……今余既来索，则地当归我”。围城9个月后，荷军死伤1600余人，能参加战斗的士兵仅剩600百余人，且已弹尽粮绝，疾疫流行，形势已完全绝望。荷兰殖民者走投无路，荷据时期的台湾长官揆一于1662年（南明永历十六年、清康熙元年）2月1日不得不签字投降，双方签订了《郑荷缔和条约》。至此中国人民收回了被荷兰殖民者侵占的宝岛台湾。郑成功因这一历史功绩，被誉为民族英雄，亦在台湾被誉为“开台圣王”。郑成功收复台湾的军事斗争，是中华民族反对外来侵略的成功尝试。通过这一斗争，驱逐了荷兰殖民者，维护了中华民族的利益，捍卫了中国主权和领土完整，因而具有极其重大的历史意义。
明郑时代台湾的行政区划
郑成功收复台湾后，将位于今台南中西的赤崁楼定为“东都明京”，设“承天府”及二县（承天府以北为“天兴县”，以南为“万年县”），另设一司为“澎湖安抚司”。为纪念故土，改称热兰遮城为“安平镇”。后来“东都”也称台湾，“东都”后被郑经所废，改称为“东宁”，设“东宁总制”。明郑时代台湾政治、经济、文化、教育的发展（1662-1683）
郑成功同时实行屯田政策，令数万军眷随军赴嘉南平原、屏东平原等地大力垦荒，在台湾南部和西部形成一大批村镇。今日台湾省南部的一些地名，例如“新营”（属台南）、“下营”（属台南）、“左营”（属高雄），都是郑成功当时分遣部队屯田拓垦时所遗留的。
郑成功收复台湾后仅4个月即病逝，时年仅39岁。尔后其子郑经、孙郑克塽前后治理台湾22年，而郑经对台湾的建设与经营多委政于他饱读诗书的智囊军师陈永华。郑氏家族奖励制糖、制盐，兴办工商业，发展贸易，引进中国大陆明制的宫室、庙宇和各种典章制度，改进高山族的农业生产方式。在陈永华的建议下，1665年（明永历十九年、清康熙四年）台湾第一座孔子庙建于卓仔埔，即今日的台南孔子庙，并于其旁设学校，称为“明伦堂”，推崇儒家的人伦纲常的价值观，人称“全台首学”，意指台湾最早的学校，学院内设国子监助教，并进一步引进中国大陆的科举制度。南明时期的文人沈光文还成立了台湾最早的诗社“东吟社”。郑氏家族令中国大陆先进的生产方式和中华文化全面而深入地传入台湾，推动台湾经济、文化迅速发展，让台湾与中国大陆的联系更加紧密、不可分割。明郑时代末期，不包括山地的少数民族，台湾人口已近趋20万。郑成功将台湾做为反清复明的根据地，清政府因而对台湾的郑氏家族进行压制，于1656年（清顺治十三年）实施海禁政策对郑氏家族实施经济封锁，所以当时台湾对中国大陆的贸易活动只能私下进行。为了获取物资并促进对外贸易，郑经采陈永华建议，派江胜到厦门、杭州成立秘密商团组织，从事走私贸易，以台湾的蔗糖和鹿皮换取中国大陆的布帛和生活用品，并和日本、南洋等地以及英国东印度公司有购买军需物资、纺织品的贸易往来。
主词条：清统一台湾之战、台湾清治时期、台湾府、台北府、台南府、台厦道、台湾道康熙统一台湾（1683）
郑成功逝世后，明郑政权和清政府处于军事对峙的状态，因为郑经发动长达六年的反攻大陆之战失败而元气大伤，对外贸易急剧衰弱，并陷入残酷的政治权力斗争之中，上下人心飘摇，清政府则乘机挑拨离间，导致不少明郑将领降清。面对纷乱的明郑政权，清政府的态度大致是“和战兼采”、“剿抚并用”。台湾问题经过长期谈判无果后，康熙决定“底定海疆”，以武力解决。1683年（清康熙二十二年）7月8日，清政府派原为郑成功部下的福建水师提督施琅率水陆官兵2万余人、战船200余艘，从铜山（今属福建漳州）向澎湖、台湾进发。清军向澎湖守军发起攻击，郑军溃败。郑克塽率众归顺清政府，康熙接受投降，优待郑氏，至此台湾在清政府直接统治之下。
清朝统一台湾既是出于历史原因，也是源于现实需要，避免了台湾被进一步割据化，也换来了清代中国东南地区的安全稳定。同时，清前期国力强大、君臣团结以及台湾地区的内耗为统一台湾创造了条件和契机。清政府在统一台湾时，恩威并施、剿抚并用，善用人才，积极争取台湾民心，使得以较小代价实现了对台湾的快速统一。此外，清政府还十分重视统一台湾之后的善后工作，实现了驻军同台湾民众的和谐相处，妥善安置了台湾郑氏政权的投降势力，促进了台湾地区生产、生活秩序的较快恢复，为此后台湾地区的持续发展奠定了基础、创造了条件。
然而，收复台湾后，许多大臣对台湾的战略地位缺乏认识，又发生弃留之争。有人主张放弃台湾，仅将岛上百姓迁回大陆。施琅对西方殖民者觊觎台湾多年的情况有所了解，力陈台湾战略地位之重要性：台湾“乃江、浙、闽、粤四省之左护”，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”。康熙赞同施琅的意见，认为“台湾弃取，所关甚大。弃而不守，尤为不可”，结束了台湾弃留之议。清代台湾的行政区划和对钓鱼岛的管辖（1683-1895）
1684年（清康熙二十三年），清朝设置台厦道，台湾与厦门共署，道署设于厦门，设一府三县，置台湾为一府，称台湾府，府治设在今台南，下辖台湾县（约今台南）、凤山县（约今高雄、屏东县）、诸罗县（约今嘉义县以北，不含今宜兰县、花莲县、台东县），隶属于福建省，成为福建省的第9个府。台湾府的设立，令福建省从宋朝福建路下辖八个同级行政机构而得名的“八闽”变为九府建制，福建因而有“九闽”的别称长达201年。台湾重新纳入中国中央政府的统一管辖之下，在政治、经济、文化等各方面与大陆的联系更加密切，成为国家统一整体中不可分割的组成部分。对于台湾岛的附属岛屿，清政府沿袭了明朝的做法，继续将钓鱼岛等岛屿列入中国海防范围内，而且明确将其置于台湾地方政府的行政管辖之下。清代《台海使槎录》、《台湾府志》等官方文献详细记载了对钓鱼岛的管辖情况。1871年（清同治十年）刊印的陈寿祺等编纂的《重纂福建通志》卷八十六将钓鱼岛列入海防冲要，隶属台湾府噶玛兰厅（今台湾省宜兰县）管辖。1872年（同治11年）台湾知府周懋琦写的“全台图说”，用图片去表达全台湾，内容清楚记载“山后大洋有屿名钓鱼台，可泊巨舟十余艘”。
1723年（清雍正元年），清政府于大甲溪以北设“淡水厅”，大甲溪以南、虎尾溪以北设置“彰化县”。1727年（清雍正五年），台厦道分出“台湾道”，道署移到今台南，并将澎湖群岛从台湾县分割出来，设“澎湖厅”。
1737年（清乾隆二年）5月10日，内阁学士兼礼部侍郎吴金提议台湾设省，但当时清政府认为台湾在官制方面设有总兵、御史已经足够，建省易导致权力纷争，且台湾一地不过一府四县，改省与体制不符、于事无益，于是此奏议并未被采纳，但此后这一议题被不断提出并以不同方式实践。1786年（清乾隆五十一年），台湾发生林爽文事件。1787年（清乾隆五十二年）清政府平定林爽文事件，为嘉奖诸罗县民帮助平乱义举，改诸罗县为嘉义县。台湾道下辖“一府四县二厅”的行政规制沿用近九十年，直到1812年（清嘉庆十七年）朝廷增设“噶玛兰厅”（约今宜兰县）才有所改变，噶玛兰厅的管辖范围包括中国的海防冲要钓鱼岛及其附属岛屿。光绪元年底（1875年），清廷准奏，下诏于艋舺设台北府，附府添设淡水县；噶玛兰厅改为宜兰县；原淡水厅所在地竹堑，改设新竹县；三县总辖于台北府。另外，改噶玛兰通判为台北府分防通判，移驻鸡笼。从此，台北成台湾又一政治重心，与台湾府（台南）并峙南北；且由于地当要冲，经济繁荣，重要性与日俱增。中法战争之后，台北正式取代了台南的政治地位，成为台湾的政治中心。
同治年间，福建省内地与台湾协饷分配问题频频引发矛盾，台湾建省之议因之再起。1876年（清光绪二年），刑部侍郎袁保恒提议改福建巡抚为台湾巡抚，但遭到清廷反对。1885年（清光绪十一年），因法国、日本、英国、美国等西方列强觊觎台湾，台防日臻紧要，以钦差大臣身份督办闽海军务的左宗棠上奏《复陈海防应办事宜请专设海防全政大臣折》和《台防紧要请移福建巡抚驻台镇慑折》，从战略上论述了海防建设和台湾建省的重要性、必要性和可行性，为台湾建省提供了最重要的舆论准备。最终，1885年（清光绪十一年）10月12日，垂帘听政的慈禧太后，在下旨创建海军的同时，下旨同意诏请左宗棠的奏请，正式下诏在台湾建省。
到1887年（清光绪十三年），正式实现闽台分治，台湾单独设省，正式名称则为福建台湾省，通称台湾省。台湾省下设三府（台北府、台湾府、台南府），以及1直隶州（台东直隶州）。三府下总辖11县（宜兰县、淡水县、新竹县、苗栗县、台中县、彰化县、云林县、诸罗县、安平县、凤山县、恒春县），3厅（基隆厅、埔里社厅、澎湖厅）。台湾省建制的建立，对外主要是为了巩固东南海防，防御外国列强的侵略，加强军事防务；对内则开始近代工业化过程，开矿、邮政、交通、垦荒、教育事业等相继发展起来。从此，台湾社会进入了大规模开发时期。
清代前中期台湾政治、经济、社会的发展（1683-1858）
福建和广东山多田少、人稠地狭，在清代时常遭受自然灾害、战争动乱的摧残和破坏，而台湾地广人稀、土肥泉甘，如世外桃源，而因此赴台的福建、广东移民络绎不绝，往来于闽台两地的商船“梯航日众”、“贩帆如织”，海峡两岸的交流迅速发展。1686年（清康熙二十五年），客家人开垦屏东平原。1709年（清康熙四十八年），陈赖章垦号（“垦号”是以土地开发开垦为主的团体）开垦大佳腊（今台北一带），成为台北盆地开垦活动的开始。
18世纪初，中国大陆人口压力日增。为了在保证社会安定的前提下招徕移民对台湾进行开发、防范叛乱以及盗匪和乱民的流入，清政府在统治台湾的初期对大陆人移民至台湾进行了一定限制。康熙末年以后，不了解台湾实情的清朝官员认为台湾人口的剧增带来了粮食不足、容易生变等问题，于是清政府开始颁布渡台禁令，在不同时期制定相应政策限制台湾人口的增长，严防偷渡客渡台并对大陆移民进行严格限制，禁止单身游民渡台和携眷渡台。熟悉台湾情况的官员则了解台湾物产丰饶、适合耕作。尽管清政府治理台湾前期对移居台湾在政策上时而严格时而宽松，然而大量大陆移民为谋生仍然选择偷渡台湾。无论清政府政策如何摇摆，都已无法阻止移民迁居台湾的热潮，渡海入台者一浪高过一浪，台湾迎来了移民迁入的高峰时期。
为了开垦和发展祖国的宝岛台湾，这些来自福建和广东的汉族移民渡过风急浪大的台湾海峡，战胜了千难万险和水土不服，可谓是“筚路蓝缕，以启山林” 。他们在台湾大多是以姓氏宗族聚族而居，或是以同府同县同乡聚居一处，建立“血缘聚落”和“同乡聚落”，因而很大程度上保留了家乡祖地的传统文化和风俗习惯。当时台湾人民多为开垦的大陆青壮年，深受桃园三结义的影响，结拜风气盛行，上下层社会地位平等开放。汉族移民在开发台湾过程中，水利设施建设总是一个重要项目。康熙、雍正、乾隆年间，汉族移民在台湾南部、中部、北部各地兴修大量水利设施。这些水利设施担负着灌米育粮的重责大任，极大地改善了台湾农业的生产条件，将台湾由满地都是热带和亚热带植物的土地转化成熟田，发展为一年多熟的稻米生产地。19世纪以后，台湾生产的米粮供给范围南至闽、粤两省，北至天津、北京。清代台湾著名的水利设施有位于今彰化县的八堡圳、今台北市的瑠公圳、今高雄市的曹公圳等。随着水利设施的兴建，台湾可养育的人口越来越多，聚集人口也越来越多，逐渐形成许多聚落。台湾的商业也逐渐发展，形成许多具有商业职能的市场。
台湾是清朝重要的战略边区。为了维护祖国边疆的安宁，并希望随着台湾的发展来吸纳福建、广东的过多人口，清政府对台湾的治理投下大量成本与心力。1714年（清康熙五十三年），清政府派员测绘台湾地图，勘丈全境里数。康熙时期，中国东北、西北、西南边疆是康熙皇帝长年征战之地，而以台湾为中心的东南沿海也是其用心经营的地区。他常对臣下说：“今天下太平日久，曾经战阵大臣已少，知海战之法者益稀，日后台湾可虞。台湾一失，难以复得。”“朕思台湾、澎湖之地，关系甚大。”“即如台湾、南澳，人以为孤悬海外，无关紧要。自得其地，福建、广东之贼，便无容身之地，所系匪轻。”正是在经营台湾的过程中，康熙皇帝逐渐萌发了海疆观念。在其上谕中，已可见“海疆要地”之词。显然，在康熙皇帝心目中，台湾已经成为中国东南海疆的要地。雍正把台湾视作海疆重地、“要紧地方”，并为进行有效的治理，制定和采取了一系列影响久远的政策。
清政府基于战略考量、税收及开支的平衡等政治经济因素，且经过朝廷激烈讨论后，形成了对台湾的治理方针和政策。为了防止台湾成为反叛势力的温床，清政府派任台湾官员采轮调制，台湾建府初期即授权福建巡抚将福建省内地与台湾的官员互调。台湾民间有“无福不成衙”一说，讲的是清代台湾各种衙门里，几乎都有福州人充当教职人员或幕友。在军事上，台湾镇总兵由福州将军、闽浙总督与福建水师提督节制并派兵戍守。为了加强在台湾的战备防守、长治久安，从康熙二十五年（1686年）起，清政府实行了三年一换的班兵制，从福建各地抽调将士轮番前往台湾驻防戍守。在光绪时期以前，驻台的军队都由福建、广东军队派任，不直接在台募兵，防止官兵久驻台湾而形成割据之势，清政府还规定官员及班兵皆不准携眷来台以作为牵制。
闽安水师在闽安协台衙门的指挥下，主要负责闽江流域、闽海及台湾澎湖的防务工作，戍守台湾的军队也大多调自闽安水师。康熙二十七年（1688年），闽安协台衙门改设副将驻防，所辖左右两营官兵进入正规应制，属绿营兵，设水陆十营，成为戍守台湾的主力军。班兵制实行的两百多年间，闽安水师参与戍台的将士达13万人。这些来自闽安水师的将士父死子继、子承父业，代代镇守台湾，被称为“世兵”，为保卫台湾、抵御外敌、稳定台湾社会立下了汗马功劳，做出了巨大的牺牲。当年闽安水师戍守台湾的巡防路线是：高雄—花莲—钓鱼岛—基隆—淡水—台中—高雄。这十分确切地证明台湾、钓鱼岛自古以来就是我国的固有领土。三百年间，在和平年代里，他们以马革裹尸的壮烈情怀守护祖国宝岛，开疆拓土、守土安民，在历次台湾动荡不安的局势中，他们用生命捍卫了国家安全，抵御侵略、驱逐海盗，巩固万里海疆、保护台湾同胞生命安全。
官职设置与职官任用属于中央事权。清廷制定的职官制度的所有规定，在台湾一一遵办、不曾稍违。因应某些具体情况，对台湾官制所做的调整，也一一出于清廷的决策。两岸长期同属于一个行政体系，政治制度相同，官方提倡的意识形态一致。清政府在台湾设置了许多县丞，比例高于大陆其余各地，并在台湾设置许多重兵，还派遣经验丰富的官员制订政策并试图落实，以求尽量扩充台湾的税收潜力并减低治理台湾的成本。从清代初年一直到1895年，其间因区划调整、台湾建省，增加不少官职和职官，却也层级有别、各司其职，井然有序。清代职官（文官）制度使然也。清政府针对台湾特殊的民情设置了一些特别的官职，如负责处理台湾少数民族事务的“理番同知”。雍正、乾隆时期，由于台湾民变不断，为了监察台湾的吏治，清政府设置“巡视台湾监察御史”，监察御史定期来台视察了解民情并监督地方行政。
陈瑸是清朝早期治理台湾政绩最为突出的官员之一。他曾三次赴台主理政务，先后担任台湾知县、台厦道、福建巡抚等职，近二十年的仕途生涯大半扎根台湾。在任上，他兢兢业业，兴利除弊，澄清吏治，注重教化，深受百姓爱戴，使台湾在经济、海防、吏治、文教各方面都取得极大发展，尤其以操守廉洁驰名，享有“廉能为最”的美誉。《重修台湾府志》称赞他“廉明正直，茹水洁清”，推举他为“海疆治行第一”，康熙皇帝也曾高度评价他是“国家祥瑞”“诚清廉中之卓绝者”“从古清官未见有如伊者”。
来自福建、广东的汉族移民大量开垦荒地，将精耕农业带入台湾，改进了少数民族的农业生产方式，使台湾成为新兴的农业区域，并向中国大陆福建沿海乃至江浙、华北各地出口大量稻米和蔗糖以及从蓝草提炼出来的染料蓝靛，而由大陆输入的纺织品、药材及其他日用品、手工艺品和建筑材料等使台湾经济得到相当程度的发展，台湾土地开发的进程加快，农产品商品化的程度很高，被誉为是“糖谷之利甲天下”的鱼米之乡，成为国家内部经济循环当中的重要一环，俗谚用“台湾钱淹脚目”形容当时台湾的富足。清代的台湾经济社会的发展与福建、广东来往十分密切，中华文化伴随着祖国大陆移民的开垦更加全面地传入台湾。在清政府的治理下，台湾经济继续发展、民生继续改善，即如乾隆、嘉庆时人所评价：“台湾雄峙东海，横亘千余里，土田膏腴，家多殷实。”可见彼时台湾已为清朝的富庶之区。到光绪朝日本侵占台湾之前，“台湾银米尚不缺。且多富户豪民”。
随着明清以来大量汉族移民对台湾的大力开发，台湾发展成为交通便利、商业发达、经济繁荣富庶的中国宝岛，充满着勃勃生机和发展机遇，对大陆沿海饱受人口压力的人民来说无疑有着相当大的吸引力。1760年（清乾隆二十五年）以后，大陆人移民台湾进入高潮。至嘉庆时期，台湾以汉族为主体的移民社会趋于定型，逐渐完成了从移民社会向定居社会的转型。移民以漳州人、泉州人最多，客家人仅约漳泉人士的四分之一。泉州人多聚居在台湾西部沿海及台北盆地。漳州人多分布于台湾西部内陆平原。客家人多分布在桃园、新竹、苗栗、高雄、屏东等丘陵台地。1796年（清嘉庆元年），由福建省漳州漳浦县渡台的吴沙，集结和率领漳、泉、粤三地移民开垦宜兰所在的宜兰平原，还帮助当地少数民族百姓治愈天花时疫，成为台湾开发史上声名赫赫的“开兰始祖”。
乾隆末年，时任陕甘总督大学士的福康安为平定台湾民变“林爽文事件”而亲身来台湾了解当地实情，对台湾有了客观的认知。为了解决偷渡和禁止携眷渡台引发的严重社会问题，福康安向清政府提议准许移民携眷赴台，他的提议很快得到应允。1798年（清嘉庆三年），携眷渡台的政策终于伴随着持续百年的渡台禁令的放松而得以实施，涌入台湾的移民大幅增加。1811年（清嘉庆十六年），不包括山地的少数民族，台湾居民已达190余万，相比于荷兰殖民时代的约4.5万至5.7万人，在不到两百年间剧增近40倍，而同一时期台湾高山族不过15万人左右。
随着台湾经济的迅猛发展，台湾对中国大陆形成了农产品输出、手工艺品输入的区域分工。在区域分工的情况下，航运贸易对台湾十分重要，港口聚落因此在台湾兴起。在清代的台湾，这种以贸易为取向的港口都市常常聚集着许多贸易商人。为了方便经商并避免同业竞争，这些台湾的贸易商人往往组成类似现代商业同业行会的组织，称为“郊”，又称“行郊”、“郊行”。这种商业组织使得其所经营的商品更深入农村社会，而外销的增加又促使米、糖等农产品产量的增加。1723年（清雍正元年）至1735年（清雍正十三年）间，台湾府城（今台南中西、安平）成立了商业公会组织“府城三郊”。在经济上，这三家郊行既合作也竞争，以安平港为主要交易港口、台江（今台南海岸边）为主要腹地，来往于大陆和台湾之间，不但连袂带动了台湾府城的商业发展，也让台湾府城维持了长久的台湾首府和文化商业重镇地位，在17世纪至19世纪之间为台湾第一大城市。道光和咸丰年间，台湾郊行的发展进入鼎盛阶段。
清代前期，清政府允许厦门与台南鹿耳门单口对渡，往来台湾海峡的商船将台湾的米、糖等运销大陆，回程载去大陆土特产等物资。随着两岸贸易发展，单口对渡逐渐无法满足需要。乾隆四十九年（公元1784年），清政府指令泉州蚶江与台湾鹿港（今属彰化县）对渡贸易，蚶江成为大陆对台湾通商、通航的中心港口。蚶江和鹿港的对渡，海上贸易的繁荣，也促成了台湾鹿港小镇的繁荣。史料记载，当时往来两地的商船有300余艘，鹿港的郊商最盛时有泉郊200余家。鹿港迅速上升成为台湾中部贸易的集散地，营运范围北至上海，南至南洋。鹿港与蚶江正式设口对渡后，泉州一带居民大量移垦，将“泉州文化”全盘移稼来台，造就了台湾开发过程中的“鹿港文化期”。鹿港在乾隆年间曾有一条长达1公里的“不见天街”，名为五福大街，由顺兴街、福兴街、和兴街、泰兴街和长兴街组成。街道上方搭盖屋顶，不受日晒雨淋，这条街是模仿了厦门、泉州的街道形式。闽南一带从外墙到屋内的红地砖，在鹿港老街也可见到。1840年鸦片战争后，鹿港因河道淤积而没落，郊行也纷纷凋零。
有清一代，台湾贸易兴盛，“郊”厥功甚伟。“郊”不仅是清代台湾对外贸易的中枢，而且发挥着重要的社会作用。“郊”本为商业团体，重在管理贸易，解决商业纠纷及其他经济事务。但清代地方政府实际上难以直接控制基层社会，再加上台湾是移民社会，士绅力量相对薄弱，“郊”财力雄厚、组织力强，自然而然地走上前台，在社会活动中也扮演起重要角色。除了贸易活动之外，台湾的郊行还热心参与国家的公共事务，当祖国大陆有灾祸和兵险时，台湾的郊行会在清政府设置的“协募公所”为大陆地区捐助金钱和兵马，受到清政府和大陆同胞的表彰、嘉奖和感谢。甲午战后，日本侵占台湾，郊商多返回大陆，“郊”迅即衰落，逐渐退出历史舞台。
为了便于进行输出农产品和输入所需要的手工业品的经济交流，台湾的一些商业口岸发达起来。最先发展起来的是台南鹿耳门，早在荷据和明郑时期就成为台湾的运输中心和商业中心。康熙统一台湾后，两岸贸易合法化，因而发展很快，其中官粮、官盐等运输大大促进了运输业和商业中心的发展。随之发展起来的有笨港（今北港，属云林）、旗后（属高雄）、八里坌（属新北）、艋舺（属台北）等地，成为台湾西部的重要口岸。八里坌地处于淡水河的出海口，与东边的艋舺，成为北部地区与大陆往来的重要港口。当时的鹿港，“烟火数千家，帆樯麇集，牙侩居奇，竟成通津矣”。艋舺则“居民铺户约四、五千家，外即八里坌口，商船聚集，阛阓最盛，淡水仓在焉。同知岁中半居此，盖民富而事繁也”。
乾隆、嘉庆年间至清朝末年，伴随着航运贸易的快速发展，台湾最主要的贸易港口为台湾府城（今台南中西、安平）、鹿港（今彰化鹿港）与艋舺（今台北万华）三地，几乎掌控全岛货物的出入，俗称“一府二鹿三艋舺”，台湾的经济中心也逐渐北移。清代的台湾在经济迅速发展的同时，也保留了许多传统封建社会的特色。台湾的大业户、地主、豪门等封建势力结合力量领导着台湾的发展，成为台湾地方社会极为重要的控制力量。清代的台湾各族群因土地和水源分配等因素矛盾频生，各族群内部因而经常发生分类械斗，进而影响日后台湾族群的分布。而由于吏治不严和治安不良等因素，清代的台湾民变迭起，动乱频仍，最大规模的三次民变是朱一贵事件（1721年至1722年）、林爽文事件（1786年至1788年）和戴潮春事件（1862年至1865年）。
清代台湾教育和文化的发展
清统一台湾之后，推行大陆的儒学教育便成为政府要务之一，由主管台湾政务的台厦道兼理学政；在设置府学、县学同时，还倡导私学，使社学、义学、私塾和更高层次的书院如雨后春笋；在科举考试中，也给予额准优惠。凡此种种，都使儒教之风，广入民间。有清一代，台湾虽无著名儒者出现，但儒家思想为社会所普遍尊崇，成为规约台湾社会的主导思想，则与大陆无异。清政府在台湾设立了六十多所书院，作为教育台湾人民传统的儒家文化和培训台湾学子应考科举的场所。经由科举考试获得功名的台湾士绅，享有特殊的社会地位，成为举足轻重的地方领袖。台湾的科举考试完全按照福建省的规定执行，福州是清代闽、台两地科举教育的中心。1687年（清康熙二十六年），清政府开始在台湾实施科举考试，台湾士子可前往福建省省会福州参加乡试。考前、考后，台湾考生一般在福建省内地居留几个月访学、会友，形成了海峡两岸定期的文化交流。清政府为鼓励台湾士子参加科举考试，派官船接送并建造试馆，到光绪年间每届参加乡试的台籍生员达千人左右。1885年（清光绪十一年）台湾建省之后，台湾士子依然要到福州参加乡试。“科举制度”在台湾推行两百余年，有据可考的台湾进士就有33人，他们的名字至今铭刻在北京孔庙的进士题名碑上。科举制度在台湾的传入促进了中华文化在台湾的传播和普及，亦使台湾人才辈出、社会日趋进步。台南市是著名的历史文化古城，亦是台湾产生进士最多的地区。
台湾首座书院是清朝靖海侯施琅于1683年（清康熙二十二年）创立的西定坊书院，而后因为康熙皇帝鼓励设立书院，故陆续成立了东安坊、弥陀室等书院，但这些书院被认为是义学过渡到正式书院的雏型。直到1704年（清康熙四十三年）台湾府（今台南）知府卫台揆设立崇文书院，台湾才有正式的书院，着重考课、科举。而后，屏山书院、海东书院、中社书院等官立书院也陆续成立。1728年（清雍正六年）时，中央政府决定对闽、粤两省乡音采行纠正，而在台湾设立了四所正音书院。自1733年（清雍正十一年）起，经乾隆、嘉庆，至1839年（清道光十九年）第一次鸦片战争爆发为止的百年间，清政府陆续在台湾各府县兴建孔庙（即官学、儒学），已形成一套完整的科考体系。为了让儒学与地方书院平衡发展，清政府开始提倡民间设立书院，于是书院在台湾如雨后春笋般地发展起来。到清末时，台湾共出现有62所书院。乾隆以前，台湾书院都设置于台湾府（今台南）；乾隆以后，才扩及各县厅。
台湾最初为农垦社会，民众以谋生的经济需求为先，并不热衷科举。随着地主、富贾阶层在台湾出现，受传统儒家思想的影响，台湾民众逐渐开始送子弟进入书院就读，以培养成为科举士子从而求取功名。这些受过教育的士人，在地方上以文会友，倡导诗文，为台湾社会带来文化气息。台湾作为农垦社会的色彩开始淡化，文治社会开始形成，博得“海东邹鲁”的美誉。同治、光绪年间，台湾作家的诗作水准已与中国大陆不分高下，风格有强烈的乡土色彩，文名远播。清政府对台湾少数民族进行文化教育，在番社设置“社学”，设“教册番”（高山族教师），教导高山族儿童儒家启蒙的书籍，提升了少数民族的文化水平。清廷仿照湖北、广东、云南、贵州等省份边隅州县设学，“延师教训苗、蛮、猺、黎子弟之制，就归化番社，设立社学，择熟番子弟之秀颖者入学读书”。番童“诵读诗书，习课艺，应有司岁科试”，“自县、府及道试，止令录《圣谕广训》二条，择其娴仪则、字画端楷者，充乐舞生”，“道试止取一名，给与顶带（戴），与五学新进童生一体簪挂”。19世纪中叶以前，台湾省的文学艺术主要流行于社会顶层的官宦及士绅阶层。一直19世纪中叶以后，由于商品经济日益发达，社会较为富裕，文学艺术才扩展至一般社会阶层。
1885年（清光绪十一年）台湾建省后，台湾的文教事业有较大发展。台湾巡抚刘铭传在“抚番”的同时，还在台北府（今台北、新北、基隆、桃园、宜兰、新竹）设立番学，招纳当地少数民族子弟20人，聘请3名教员讲授汉文、算学、官话、台湾话和礼仪等内容。刘铭传在大稻埕（今属台北市大同区）设电报学堂，培养电报人才。他还在新设州县添设学堂，增加学生150名，并拟请把基隆厅（今基隆和新北汐止）、台湾（今台中和南投）和彰化三地学堂均改为大学；新竹、宜兰、云林等县学堂改为中学；苗栗县学堂改为小学。在刘铭传的领导下，台湾地方官员也多能关注文教建设。
开港后台湾经济、社会的发展和发展重心的北移（1858-1895）
19世纪中叶，西方列强侵略矛头直指中国，中国边疆危机四伏，而台湾战略地位显要、商业繁荣、物产丰饶，为东亚海路南北往来的枢纽，成为英、美、日、法等列强武力侵犯的重点，其中又以日本最具野心。台湾成为中国人民反帝斗争的最前线，直接承担着中华民族的忧患。清政府于同治年间起大力推进台湾的现代化建设，成为中国清末洋务运动的重点区域之一。
1858年（清咸丰八年）和1860年（清咸丰十年），西方列强先后逼迫中国签订丧权辱国的《天津条约》和《北京条约》，要求中国开放台湾等地的通商口岸，1862年沪尾港（今淡水港）正式设海关通商，其后鸡笼港（今基隆港，为淡水附属港）、打狗港（今高雄港）相继开放，1864年12月底安平港（今属台南）开放，1865年1月1日于安平附设海关正式开始作业，为打狗附属海关，合称“台湾四口”，名义上以沪尾（今淡水）关为总关，总理全台通关事务。
英国为了拓展对台湾贸易的经济利益，还在打狗（今高雄）设置打狗英国领事馆，主要作用为保侨、商务、行使领事裁判权及地方交涉等。开港后，台湾洋行林立，出售茶、糖、樟脑赚取大量外汇，进口以鸦片为大宗，刺激台湾经济、社会快速变迁。外贸带来的大量外汇，为清末台湾洋务运动所需经费的主要来源。与此同时，台湾开港还导致客家人在台湾地位上升、行郊没落而豪绅与买办崛起、水土环境被破坏等社会和环境影响。西方文化也伴随着台湾开港再次传入台湾，许多传教士来台湾传教。在西方各教派中，以基督新教的长老教会影响最大。开港后的台湾与世界的联系更加密切，台湾当年开放的各口岸迄今仍保留着领事馆、洋行等古迹。
19世纪初，樟脑作为一种名贵的台湾特产，已经成为台湾一项重要的产业。台湾正式开港后，英国、美国、德国等国商人在台湾开设洋行。其中，英国商人开设的怡和、德记洋行资金雄厚，经营手法花样翻新，台湾的樟脑输出逐渐为这两家洋行所控制。英国商人的垄断行径，引起台湾民众的不满。1863年（清同治二年），为了制止英国对华进行经济掠夺，清政府第一次实施樟脑专卖，其专卖权由民间包办，每年向政府缴纳一定银两。1868年（清同治七年），因为英商怡记洋行的走私商人因私运价值约1000银元的樟脑在彰化县五叉港（今梧栖港，属台中）被清政府没收，英军登陆安平（今属台南）。在英国炮艇威胁之下，清政府只好以6000银元赔偿，并签订丧权辱国的《樟脑条约》，条约完全答应英方提出的无理要求，废止樟脑官办，准许洋商往内地买办樟脑，台湾的樟脑进出口彻底落入英国手中，英国殖民者更将魔爪伸向了台湾的茶叶和砂糖资源，变本加厉地盘剥台湾人民。
贸易的发展令台湾农业的商品生产乃至整个台湾社会的商品经济发达，据估计自1865年到马关割台时的1895年这30年间，台湾因为净输出累积的财富已达到1400万海关两，30年间出口总值也增加了七倍。自1870年代起，台湾每年对外贸易都出现大量贸易顺差，是当时中国唯一贸易顺差的地区。当时中国大陆每年平均对外贸易只增长3.4％，台湾则以平均每年6.5％的增长率遥遥领先。
台湾特产的樟脑是合成塑料的原料，在19世纪后期国际需求量大增，使台湾产量曾达到世界第一。《台北市路街史》这样形容清末台北大稻埕茶叶生产的热络盛况：“每年3月初至10月为春、夏及秋茶上市之制茶旺季，通街充满茶香和花香，使得大稻埕成为最香的城市，拣茶妇女往来络绎于途”。开港之后，台湾对外开放市场，茶、糖、樟脑的出口极为旺盛，促使台湾山区和南部的进一步开发。而茶、糖、樟脑的生产，从种植、采收、加工，以致于出口，在在均需大批的从业人口，因而提供了许多就业机会。而其相关行业，诸如茶、糖、樟脑由产地运至港口的挑夫、船夫或牛车夫与制船的人；为保障樟脑业与茶业的隘勇；包种茶制造所需用花的种植者等；特别是因出口旺盛，所带来的进口贸易大批从业人口等，不但扶养了台湾本身自然增加的人口，也扶养了陆续涌入的大陆移民，对台湾人口压力及失业压力的缓和贡献很大。
由于茶、樟脑等重要的出口商品多产于台湾北部，由北部的港口输出，使得北部的经济发展远快于南部，至1881年（清光绪七年），北部的贸易额已经超越南部，到1890年代，北部的贸易额已经达到南部的两倍。随着经济重心由南部转至北部，晚清台湾近代化建设乃多集中于北部，刘铭传将建省后巡抚衙门亦设于台北，台湾的政治中心亦随之北移。主张定台北为省会的刘铭传曾与驻在台南的建省前台湾最高行政长官刘璈起了冲突，即所谓的“二刘之争”，二刘之争事实上各自代表了清廷湘系、淮系的冲突，也是台湾发展的南北之争。最后刘璈去职，台湾政治中心的北移也更为确立。如今台湾省省会在台北、发展的重心在北部，这都是自清末台湾开港以来逐渐发展的结果。
台湾开港造成了许多新聚落的兴起，最著名的便是大稻埕（今属台北）。1853年，原居于艋舺一带的泉州同安（今属福建厦门）人，集体往北迁移到大稻埕建立新聚落，当时的大稻埕还是人烟稀少的小村落。不到十年，台湾开港，淡水河沿岸的洋行多设在新兴的大稻埕聚落，又由于茶业的兴盛，使得大稻埕成为茶叶加工、集散、出口的重镇，经济发达使大稻埕在短短几年间迅速发展，到民国初年，已经超越艋舺（今属台北）成为北台湾第一大城。二战后，大稻埕因淡水河淤浅逐渐失去河港功能而逐渐没落。之后台北市区向东发展、人口大量外移，大稻埕成为台北市外围的老旧市区。清代后期开始，昔日波光粼粼的台江海岸，因发生大风雨，大量河沙注入台江内海，千里汪洋尽成海埔新生地。台湾地势改变海沉陆浮，台南港口消失了。台南的海外贸易港口只剩打狗（今高雄港）一个。
鸦片战争后列强对台湾的侵略（1840-1895）
1840年（清道光二十年），英国的军舰首次开到了台湾南部的海域，参加了不久后爆发的第一次鸦片战争，台湾人民又一次受到了外国势力的威胁。1841年9月起，英国舰队数度出现台湾外海，试图占领北部基隆港与西海岸中部梧栖港（今属台中），这是帝国主义列强对台湾第一次武装入侵的行动。台湾人民动员组织了人数2倍于当地戍兵的抗英民团，并捐资输银，共赴国难。他们和官兵一道击退了入侵的英军，粉碎了敌人试图侵占台湾的阴谋，赢得了抗英斗争的胜利。一年后，英军再次入侵，虽然他们仍没有捞到什么好处，但给当地的官员与百姓带来了巨大的压力，台湾镇总兵达洪阿等官员也因此受到牵连而被革职。
美国对台湾的侵略野心和活动由来已久。1847年（清道光二十七年），美国海军对台湾的资源、军事和物产进行了勘探和调查，为侵略台湾作准备。1853年（清咸丰三年），美国海军再次来到了台湾海域，经多方考察后向美国政府提出占领台湾岛来作为远东贸易中继站的建议。1867年（清同治六年），美国船只“罗发号”（又译为罗佛号、罗妹号）在台湾海域触礁沉没，漂流至海岸上的幸存者因为语言不通，被当地高山族居民视为侵略者而杀死，美国遂以此为借口，先后派出两批军队进攻台湾，但都无功而返。失败后，美国改变策略，支持日本侵占台湾，企图从中渔利。1860年（清咸丰十年）至1862年（清同治元年），德国（当时是普鲁士王国）派遣一支“东亚远征队”前往亚洲的中国、日本、东南亚等多地。德国政府曾多次讨论在中国的台湾岛殖民或建立海军据点的计划，但经过讨论后，德国政府综合考虑当时的国内形势和台湾的实际情况，不得不选择放弃，殖民的野心就此作罢。
清代的台湾社会(84张)
1874年（清同治十三年）5月，日本以琉球漂流民在台湾被杀为借口悍然入侵台湾，在台湾的琅峤（今屏东恒春）、龟山（今高雄左营）一带与当地军民展开了激烈的战斗，双方互有损失。10月31日，中日签订《北京专约》，日本赚取了大量的利益。虽然清政府对日本作出妥协，但《北京专约》仍表明中国对整个台湾行使主权。日本第一次对外侵略扩张，首选的目标即为台湾，给清政府敲响了警钟，也暴露了日本霸占台湾的野心。从英、美、日轮番入侵台湾的战事中，清政府逐渐看出了侵略者的狼子野心，许多官员目睹时艰，也渐渐认识到了台湾的重要性。
台湾洋务运动的开始和沈葆桢的行政改革（1874-1876）
清政府在日军侵略台湾后的1874年5月27日，迅速派遣钦差大臣沈葆桢来台，处理台湾善后事宜并对台湾的防务进行周密筹划。沈葆桢守住台湾后，立即着手进一步的开发。沈葆桢对台湾的行政区划进行调整，使北部在行政组织上的比重大为增强以配合其在台湾开港以后的迅速发展，奠定了台北的政治地位，促进了台湾北部地区的近代化，并解决了中南部组织与移垦开发速度脱节的问题。至此，台湾地区所设郡县已能统辖台湾全境。
沈葆桢正式废除了清政府对台湾的各种禁令，鼓励大陆居民开发台湾。为了强化台湾的防卫力量，他奏准购置铁甲船、水雷、洋炮及军火机械，在安平（亿载金城，位于今台南）、旗后（威震天南，位于今高雄旗津）等地修建炮台，迈出了台湾军事近代化的步伐。为了加强民族融合从而维护国家主权和领土完整，沈葆桢下令开辟横贯台湾东西部的八通关古道等道路，提升少数民族的文化水平和生产水平。他还请求仿江苏巡抚分驻苏州之例，移福建巡抚驻台，专门负责台务，最终确立了福建巡抚“冬春驻台，夏秋驻省”的制度，为后来台湾建省奠定了基础。其继任者福建巡抚丁日昌于1876年来台湾继续推行革新，任内在厦门、汕头、香港等地设置招垦局，鼓励闽粤居民来台开垦台湾岛东部山地，并开办矿业，以机器开采鸡笼（今基隆）煤矿，在台湾架设中国历史上第一条自建电报线。
台北建城（1884）
台北城是清朝最后一个规划建造的城池。清末，随着北台湾茶叶生产和贸易兴起，福建先民在大稻埕和艋舺落脚，形成聚落以至商业街市，在一片荒泽之上构筑起了台北成为“城”的根基。中法战争之后，台北正式取代了台南的政治地位，成为台湾的政治中心。
清政府在大稻埕和艋舺之间兴建台北城。1879年，台北正式开府，首任知府陈星聚与1881年上任的福建巡抚岑毓英积极筹款兴建台北府城。1882年，台北城委由台湾兵备道刘璈正式开工兴建。清光绪10年（1884年）完工的台北府城北门，又称“承恩门”，它不仅是台北市少数的清代建筑之一，闽南式碉堡城门目前也是世界罕见。清代派驻台湾的地方官员都由此门进入台北城。历史上，这里也是老城区通往台北盆地商贸中心“大稻埕”的主要交通孔道。一般商旅在大稻埕上岸，由北门入城。由石板路引导入城后即为抚台街，城隍庙，布政使司衙门……一座典型的近代中国南方城市映入眼帘。台北市自清末以来一直为台湾省的最高行政首府。如今的台北市商业蓬勃、文风鼎盛、交通便捷，是台湾省的政治、经济、文化中心和国际著名的“亚太之都”。1895年，日本强占台湾，进入台北后为铲除根植台湾人心中的中国文化意识，开始拆毁城内所有与“中国概念”相联的建筑。在日本人有计划的拆除行动中，台北城失去了原貌。
中法战争和台湾建省（1883-1887）
1883年（清光绪九年），法国完成了扩大侵略的准备，向驻扎越南的中国军队发动大规模进攻，挑起了中法战争，战火扩大到中国东南沿海，侵略目标首指台湾，使得前直隶陆路提督刘铭传被清政府重新启用。刘铭传被授予福建巡抚头衔，使其负责台湾的行政与军务。刘铭传率部抗击法军，在台湾多次击败法军登台的计划，在沪尾大捷中最终使法军放弃登台，成功保卫台湾。在此背景下，左宗棠提议设立台湾省。
中法战争后，清政府为了加强海防，于1885年（清光绪十一年）将台湾从福建省析出升格设立台湾省，成为当时中国第20个行省，福建政务由闽浙总督兼管，将福建巡抚改为台湾巡抚，由刘铭传出任首任台湾巡抚。从下诏建省到闽台实现分治，台湾建省的酝酿筹划过程历时近3年，这既与分治需要解决诸多问题有关，也与刘铭传的暂缓建省主张有关。1887年（清光绪十三年），台湾建省行政工作完成，下设三府十一县三厅一直隶州，省会设于彰化县桥孜图（今台中），1894年（清光绪二十年）省会移至台北府（今台北、新北、基隆、桃园、宜兰、新竹）。台湾建省之初，清廷有旨：“台湾虽设行省，必须与福建联成一气，如‘甘肃新疆’之制，庶可内外相维”。同先一年建省的“甘肃新疆省”同甘肃省“内外相维”一样，全称是“福建台湾省”的台湾省也同福建省“联成一气”，保持着若干行政、财政上的关联。台湾建省时的经济规模比较小，财政方面尚无法独立，因此福建及中央的协饷对解决台湾建省初期的财政困难起了很大作用。台湾与福建的“内外相维”体现了中央加强对地方行政权力控制的传统，这虽有利于加强边疆与内地政治联系，但也在一定程度上限制了台湾的发展。刘铭传创设直属台湾省的三十几个机构，又把原来的机构加以改组。其中比较重要的有征收税租的税厘总局、负责樟脑专卖的脑务总局、征收茶税的茶厘总局、负责食盐生产与征税的盐务总局、推行煤炭采掘的煤务局、促进海上运输与管理的轮船局、推行开拓与开垦的抚垦局、负责公众卫生与疾病治疗的官医局等。几乎所有这些机构，虽然名称有所改变，都被日据时代的殖民当局继承下来。
在刘铭传任内，台湾的财政收入有了很大增长，从每年的90万两增长到300万两。1890年（清光绪十六年），福建和中央对台的协饷被取消，建省五年后的台湾迅速地从一个靠中央和邻省财政补贴的省份，成为一个基本自给自足的省份。台湾建省这一举措，强化了清政府对台湾的主权，巩固了对台的治权，为有效管理台湾打下坚实基础。台湾能够自成一省，是清政府对台政策的重大转变，也是加强台湾防务建设重要内容之一。自清廷在台湾建省后，台湾一直为中国行政建制中的一省。刘铭传在台湾省的海防和现代化建设（1885-1895）
刘铭传把防务列为台湾三大亟须筹办事宜之一。他一再强调“防务为治台要领”、“惟办防一事，尤为台湾最重最急之需”。刘铭传在台湾积极推行洋务运动，清理田赋，增加财政收入，购买轮船，架设电报线，设立邮电总局，建造铁路；购买军舰，增设炮台，设立机器局自造武器；成立煤务局，安装新式采煤机器；设立兴市公司，建街造路；创立西学堂、电报学堂，培养建设人才，努力在较短时间内建成独立作战体系，增强台湾边防力量。长期以来，台湾虽物产丰富，但由于交通不便，信息闭塞，严重制约了商品贸易的发展。当时，全世界列强争相铺设铁路，刘铭传认为铁路是一切新政的起点。1887年7月，台湾铁路总局创办，开始建造中国历史上第一条官办客运铁路，从基隆过台北到新竹。现在基隆市崇德路上的狮球岭隧道，是中国历史上的第一座铁路隧道，也被称为刘铭传隧道。
为了解决台湾本岛与外岛和大陆的通信问题，刘铭传兴建了两条海底电缆并于1887年10月完工，一条连接台湾沪尾（今新北淡水）和福州川石（今属福建连江），另一条连接台南安平和澎湖马公，这是中国历史上第一条和第二条海底电缆。1888年，台北市设立台湾邮政总局，全省各地建立43个分局，全部仿效西方先进的邮政通讯办法传递公文和信件。刘铭传积极改善台北市的生活环境，重新规划街道，从国外引进第一架蒸汽碾路机，将原本尘土飞扬的台北街道碾平后，铺上石块、石板。有了平坦的道路后，便从上海引进人力车及马车。台北市实现了中国城市中较早使用自来水和电气路灯，拥有了“外开航运”的码头，建成了壮观的铁路大桥，成为当时中国最繁荣和现代化的城市之一。台湾全省的电报系统是中国第一个地区性的电力通讯网。刘铭传还开办了台湾与上海、香港、新加坡、越南西贡（今胡志明市）、菲律宾间的轮船航运。
在军事方面，刘铭传改编原来官兵，留强汰弱，加强训练；增设团练，发展民间军事力量。这些举措的实施大大增强了台湾的边防力量，为后来抵御日军入侵起到积极作用。与此同时，刘铭传的新政也引发严峻的财政问题。1891年（清光绪十七年）刘铭传告老还乡后，继任的台湾巡抚邵友濂、唐景崧虽然部分继承了刘铭传的政策方针，但邵友濂以节省经费、与民休息等理由停止绝大部分刘铭传时期的新政建设，废止煤务局、矿油局、西学堂、番学堂等建设并明订以台北为省会，台湾建设步伐相对放缓，建省进程受挫。台湾建省政治经济文化和军事并举，但以军事建设为重。建省后，台湾社会经济文化军事的发展大大向前推进，“以一隅之设施，为全国之范”，在马关割台前台湾已是中国近代化程度最高的行省。
1888年，美国驻华署理公使田夏礼（Charles Denby）来到台湾观察洋务运动，认为台湾是中国最进步的一省。尽管台湾推动近代化的洋务运动是在1875年牡丹社事件之后由沈葆桢推行，比起中国大陆大约在1860年代初期开始推动的洋务运动，台湾的起步要慢了十余年，但当时全国的第一条官办客运铁路、第一条自建电报线都在台湾出现。台湾近代化的快速发展，得益于台湾物产丰饶，茶、糖、樟脑的外贸繁荣，中央政府对于台湾改革的支持，地方官员积极推进台湾的各项建设，再加上台湾海洋文化开放、创新、海纳百川的风气，这些都是促使台湾走向现代化的幕后助力。不幸的是，海防建设未能阻止日本的侵略，也未能保住台湾。刘铭传在台湾举办的新政虽然有着重大的历史进步意义，但无论从规模上还是从国家重视程度上均无法同日本扩充的军备相比，当时的时代局限性也导致了中国缺乏向海洋发展的战略思想。最终清政府被迫将台湾割让给日本，中国人民为此饮恨半个世纪。直到1945年日本战败投降，台湾才回归祖国。
主词条：马关条约、台湾民主国、乙未战争、台湾日据时期中日甲午战争和《马关条约》割让台湾、澎湖（1894-1895）1894年（清光绪二十年），日本利用朝鲜发生东学党起义，制造事端。7月下旬日本军占领朝鲜王宫，发动政变，并向驻朝清军挑起战争。8月1日中日双方正式宣战。清朝政府在开战前寄望于欧美各国调停，开战后又执行避战静守的方针，致使清军被动挨打。9月中旬日军占平壤，北洋舰队与日军在黄海海战亦失利。10月日军由陆路攻入中国境内。次年1月日军在山东半岛登陆。2月北洋舰队全军覆没。3月辽东半岛尽失，京畿大震。
清朝政府派遣李鸿章前往日本议和，与日本首相伊藤博文于1895年（清光绪二十一年）4月17日签订丧权辱国的《马关条约》，把台湾和澎湖列岛割让给日本。尽管李鸿章在与日本首相伊藤博文进行谈判时曾声明和警告“台湾已立一行省，不能送给他国”、“拟请所让之地，如果勒令中国照办，两国子子孙孙永成仇敌，传至无穷矣”，却仍无法改变台湾和澎湖被割让的命运。为了取得谈判桌上的绝对优势，日军还于3月先行派舰南下占领澎湖，造成既成事实，并切断台湾与中国大陆的联系，对台湾摆出兵临城下的姿态。1895年5月3日，光绪皇帝为《马关条约》的正式文本盖上了玉玺，正式批准了这一条约。光绪皇帝慨叹道：“台湾割则天下人心皆去，朕何以为天下主！”。
清政府割让台湾和澎湖予日本，不仅葬送了台湾建省的成果，更丧失国土海疆，造成中国东南海疆门户洞开，对国防建设造成巨大危害。消息传出后举国哗然，人人痛心疾首，万分愤慨，全国迅速掀起大规模的“反割台”爱国救亡运动。康有为、梁启超等集含台湾省在内的十八省在北京会试的举人千余人“公车上书”，反对割地求和，主张变法图强。在北京参加会试的台湾省籍进士、举人，联名上书清政府都察院，痛陈：“数千百万生灵皆北向恸哭，闾巷妇孺莫不欲食倭人之肉，各怀一不共戴天之仇，谁肯甘心降敌！”“以全台之地使之战而陷，全台之民使之战而亡……虽肝胆涂地而无所悔。”清廷各级官吏亦纷纷上书，陈述台湾为中国东南七省藩篱，“今日无台湾，明日即可无南洋；中国虽大，虽一日之间，可以瓜剖立尽”。
康有为记：“台湾举人垂涕而请命”的情形令路人“莫不哀之”，也令他有了发起“公车上书”的强烈冲动。然而，从台湾举人“垂涕而请命” ，到十八省举人的“公车上书”，乃至“普天忠愤”以抵制《马关条约》的种种抗争，一一归于无效。谭嗣同因台湾割让，愤而著书《仁学》，称其为“台湾人所著书”，怒斥清廷“一旦苟以自救”，举疆土而赠之于人，“其视华人之身家，曾弄具之不若”，可惜以他为代表的维新派发动的戊戌变法最终以失败告终，谭嗣同在戊戌政变时被捕，成为“戊戌六君子”之一英勇就义。对清朝政府来说，有时为了“朝廷”的利益，可以完全不顾以至牺牲国家民族的利益。时人文廷式在《闻尘偶记》中记载：甲午战败，有人在城门上贴出一联：“万寿无疆，普天同庆；三军败绩，割地求和。”不久，又有一联：“台湾省已归日本，颐和园又搭天棚。”
《马关条约》签订之次日，台湾全省人民哭声震天，“暴闻轰雷，惊骇无人色，奔走相告，聚于市中，夜以继日，哭声达四野”。悲愤无可抑制的台北人民鸣锣罢市，民众拥围抚署，反对割台，并要求饷银不准运出，军械制造局不准停工，税收全部留作抗击日寇之用。据《清史稿》记载：“光绪…二十一年，弃台湾，省巡抚。”“日索交台湾益亟，朝旨命台湾巡抚唐景崧交台，台民汹汹欲变，并引公法力争。 ”
在台湾沦为日本殖民地的五十年间，痛失台湾是全国人民心中无法抚平的痛。在日本占据台湾后，清政府仍然把台湾籍民视为具有中国国籍的华侨，清政府之所以采取这种态度，是出自对不得已而割弃的台湾人在心理上和民族感情上难以割舍的血脉之情。事实上，在中国政府看来，台湾人从来都是中国人、自家人。在日据台湾时期，海峡两岸不仅血浓于水的亲情不曾隔断，人员往来及各方面各层面的交往亦不曾隔断。从1895年起，自《马关条约》始，中国地分两岸。然而，两岸同属一个中国的事实不曾改变、也不会改变。当年日本侵略者用的是大砍刀，但两岸同胞是打断骨头连着筋的同胞兄弟，是血浓于水的一家人。《马关条约》使得中国地分两岸，却又使得两岸人民紧密相联、成为两岸命运共同体。“春愁难遣强看山，往事惊心泪欲潸，四百万人同一哭，去年今日割台湾。”中日甲午战争战败后的1896年，丘逢甲回到广东蕉岭写下了这首著名的爱国诗篇《春愁》，其拳拳爱国心也成为今日两岸同胞共同的纪念。清末民初的古文家和翻译家林纾、福建泉州清末状元吴鲁及其第四子吴钟善都从海峡两岸关系的角度抒发“痛失台湾”的悲怆，将台湾视为中国东南沿海的“门庭”、“藩篱”和“外府”。福建省的民间文件和官方文件在日本人窃据台湾多年后，尚时或提及“宿寇门庭”的切肤之感。
台湾被割让后，曾发动“公车上书”反对割台的梁启超时刻关注宝岛同胞的境况，1911年他应台湾父老的邀请，终于如愿登上宝岛，“本是同根，今成异国”，沧桑之感油然而生，遂以其饱蘸爱国挚情的笔锋，倾吐了对台湾民众的热爱，披露了殖民统治的黑暗。1925年，爱国诗人闻一多以拟人的手法，写下组诗《七子之歌》，将中国当时被列强掠去的包括台湾在内的七处“失地”比作远离母亲的七个孩子，哭诉他们受尽异族欺凌、渴望回到母亲怀抱的强烈情感。
1937年4月5日，全面抗战爆发前夕，中华苏维埃政府主席毛泽东、红军总司令朱德就派代表林伯渠致祭中华民族始祖轩辕黄帝之陵，由毛泽东亲书的祭文中，对于近代以来“琉（球）台（湾）不守”的局面，以毛泽东为代表的中国共产党人极其愤慨，祭文发出了“东等不才，剑屦俱奋。万里崎岖，为国效命。……还我河山，卫我国权”的呐喊。1937年5月，毛泽东在《抗日民主与北方青年》中明确提出：“中国的抗战是要求得最后的胜利，这个胜利的范围，不限于山海关，不限于东北，还要包括台湾的解放。这是我们对准备抗战的意见。”抗日民族统一战线，是夺取抗战胜利的法宝，也是光复台湾的有力武器。1938年春，台湾抗日先驱丘逢甲之子丘念台，经梅县同乡叶剑英介绍，以中山大学教授的身份来到延安，居住3个月，学习游击战、组织训练青年的经验。毛泽东与丘念台长谈，关心台湾同胞的命运，指出抗日战争是持久战，不会速胜，也不会速败，中国人民最终一定会取得抗战的胜利。
台湾人民的反割台斗争（1895）
1895年1月，乘着中日甲午战争的胜利，日本窃取了钓鱼岛及其附属岛屿。中日双方的交割手续尚未完成，日本侵略者便急不可待地于1895年5月29日登陆台湾的澳底（今新北市贡寮区三貂角附近）。
台湾各族人民不愿沦为亡国奴，决定以自己的力量浴血奋战、抵挡到底，并力劝当时任台湾巡抚的唐景崧继续主持台政，而清政府则敕令在台湾的文武官员“陆续内渡” ，但唐景崧因为台湾绅民挽留而未能离去，其他官员自然不便内渡。东南各省民众或捐输饷银、或结队赴台，支援台湾军民。1895年5月25日，为了免于被割让，丘逢甲等台湾士绅在台北建立台湾民主国，推举原台湾巡抚唐景崧任大总统，清军将领刘永福任大将军，年号“永清”，代表着永远效忠祖国。在“愿人人战死而失台，绝不愿拱手而让台”的誓言中，台湾人民纷纷拿起武器，自行组织抗日民军，在各地配合一度拒不奉诏的黑旗军首领刘永福等清军官兵在新竹、大甲溪、彰化、嘉义和台南一带与日寇拼死搏斗，合计正规军约有3.3万余名，抗日民军10万余名；而日军侵略者则投入包含近卫师团等正规军队的3万余名兵力。
台湾人民手拿土枪和长矛，凭血肉之躯，前赴后继，猛扑敌寇。其中尤以彰化保卫战和嘉义保卫战最为激烈、悲壮，抗日民军首领徐骧等人、黑旗军的将领以及刘永福新军七星队的大部都壮烈牺牲。以身殉国的抗日志士吴汤兴和姜绍祖在客家人比例众多的桃园、新竹、苗栗一带领导台湾军民浴血奋战，日军在这一带进行惨绝人寰的“三光扫荡”大屠杀来报复。台湾军民坚持了5个月的战斗，历经大小百余仗，使日本侵略者付出惨重的代价，显示了保卫家园的坚强意志和浩然正气，但因武器落后和后援不继终遭失败。日军虽然最后以武力侵占了台湾，却付出了死伤3万余人的惨重代价——两倍于他们在甲午战争中的伤亡人数。1895年6月2日，日本公告宣称“归并”台湾及澎湖列岛。6月7日，台北沦陷。台北沦陷后，唐景崧私自逃回大陆，刘永福被选为第二任大总统，以台南为基地继续领导抗日。6月17日，首任“台湾总督”桦山资纪在台北举行“始政”仪式，正式建立起日本在台湾的殖民统治，史称“日据时代”。6月17日是台湾人民永远不能忘记的“耻政纪念日”。
台南抗敌的最后阶段极为艰苦。清政府竟严令东南各省督抚禁止向台湾民众提供任何援助，气得刘永福长叹：“内地诸公误我，我误台民！”。黑旗军和民众军械粮饷俱绝，队伍饿极不能起。在此情况下，刘永福坚持抗日5个月后，不得不被迫登轮退返大陆。10月21日，台南沦陷。10月23日，台湾全岛沦陷。至台湾全部沦陷时止，台湾军民总共毙伤敌3.2万余人，占日寇侵占初期兵力的一半以上，约一万四千位台湾抗日志士在战斗中英勇牺牲。日本近代鼓吹自由、平等的启蒙思想家福泽谕吉在日本《时事新报》上发表社论的言论称：对于台湾民众的反抗，日本殖民者应该毫不留情地血腥镇压，甚至不惜使台湾变成“无人岛”，目的只是占据土地而不要人民。日本人是这么说的，也是这么做的。面对台湾民众的抗日武装斗争，日本殖民者曾经采取所谓“无差别报复”政策，就是“不分良匪”，肆意妄杀。甚至“不查实际，多杀良民之父、夺其母、害其兄，又杀其子、杀其妻、害其弟，以解其恨，且又将其家屋及所有财产焚掠一空，使其无寄生之所。”
“抗日三猛”领导的武装抗日（1895-1902）
台南沦陷后，台湾各地人民继续坚持武装抗日。他们在台北（今新北）的深坑、云林的铁国山，嘉义和台南之间的番仔山、高雄凤山附近及屏东等地的山区先后建立抗日据点。台湾抗日英雄简大狮、柯铁虎与林少猫三人分别于台北（今台北和新北）、云林与屏东组织群众进行抗日，给日本侵略者造成沉重打击，被称为“抗日三猛”。这一时期的抗日游击行动范围遍及全台，但没有跨区支持的合作，战死或被捕杀者逾万人。直到1902年，日军于后壁林（今高雄小港）袭杀归降的林少猫，此阶段武装抗日行动才告一段落。日据前中期的殖民统治、文化侵略、奴化教育（1895-1937）
日本的殖民目的不仅止于经济掠夺，而在于将整个台湾变成它永远的国土，其所推行的便是一整套从军事镇压到政治控制，从经济掠夺到文化改造的全盘同化政策。面对台湾人民风起云涌的抗日斗争，日本在台北设置“台湾总督府”，为在台最高统治机关，该总督府的组织特色为绝对的中央集权，身为“总督府”主官的“台湾总督”，总揽行政、立法、司法、军事等大权，形成武官总督专制独裁的政体。日本人殖民统治台湾期间实行民族差别待遇。日本在明治维新后实行明治宪政，但在台湾实行的却是总督独裁的“六三法”。日本人有选举权和被选举权，有一定的言论、出版、集会自由，但这些台湾人都没有。
日本建立严密的警察制度控制台湾社会，并实行源自清朝协助政府维护地方治安的保甲制度辅助警察政治，台湾人民在日据时代饱受歧视、凌虐和差别待遇。警察网络深入到了台湾平原和山地的每一角落，警务人员，尤其是山地警察，成了台湾社会中作威作福的“土皇帝”，严密地监控着居民的生产和生活。警察以日本人为主体，负责各类政务，成为伸入台湾民众日常生活的鬼魇和直接屠杀台湾民众的刽子手，台湾在日据时代是名副其实的警察社会。以1902年为例，全台设有10个厅、97个支厅、992个派出所，以后最多时种类警察机构达到1500余处，警察1.8万余人。在台湾的经济发达地区，每隔两三公里就有一个警察机构，每300人就配有一警察。日本警察所到之处，杀人放火，奸淫掳掠。1898年，日本殖民当局实施“保甲条例”，将保甲设为警察军事统治的辅助组织，规定10户为一甲，10甲为一保，全保全甲内部连坐，只要一甲之内某户出现“犯罪”，同甲户的人都会受惩罚。这种毫无道理的连坐案件在日据时代年年都有数百例。
日据当局于1896年8月20日发布《有关台湾住民之国民身份令》，重申至1897年5月8日以前“未离开台湾总督府管辖之区域以外之台湾住民，根据《马关条约》第五款第一项，为日本国臣民。但遭台湾总督府否认者不在此限”。据此，1897年5月8日仍留在台湾的台湾人民就被动加入日本籍、被动丧失中国籍。
日据当局从入据台湾始，在台湾釆日本年号明治、大正和昭和，禁中国年号光绪、宣统和民国，同时用新历、废农历。采日本年号、禁中国年号、废农历均属于文化侵略行为，其中废农历属于习惯上的“去中国化”。农历合于农事，也同中国人的日常生活密切相关，使用农历是中国人千百年的习惯。因应日据当局废农历给台湾人民造成的不便，福建泉州继成堂每年编印“专售台湾”的通书，即新历和农历对照的历书。
在日本占领台湾的前八年，日本殖民者制造了云林大屠杀等惨案，超过当时总人口百分之一的台湾人民被日本殖民者杀害。为了镇压台湾人民的抗日斗争，1896年6月20日至23日，日军第二旅团集结重兵进攻云林，焚毁村社，屠杀人民，妇女幼儿也在残杀之列。民房被烧4925户，被残杀人数已无法统计确切，各种记载在6000人至三万人之间。对于云林大屠杀，当时在台湾的洋人就曾投书报纸。《香港日报》7月14日报道：“日本人正采取歼灭所有台湾人的策略……台湾人的收获破坏、家园烧毁，祖先坟墓挖掘、妇女遭凌辱，愤怒到极点……”。8月25日《泰晤士报》：“日本士兵暴戾侮慢之程度令人咋舌……肆无忌惮地杀人放火……老幼妇女皆不能免……野蛮且苛酷之东方新强国。”8月22日《苏格兰人报》：“日本之政略，似乎在于将全岛居民都赶出去。”
日本在台湾实行鸦片专卖制度。日本当局独占台湾的鸦片市场，从销售、税收上榨取烟民和经销商，发给烟民执照，支持烟毒，取缔民间的“降笔会”的戒烟运动。此后，鸦片成为日本侵华的主要政策工具之一。台湾男生被日本人叫“清国奴”，女生被称呼的名词也很难听。1910年，台湾的高山族排湾人被日本人带到伦敦博览会，并作为“活人动物园”被展览。除了残酷镇压之外，在日寇法西斯统治下，台湾人毫无政治地位，只能担任低级职位和雇佣人员供日本人驱使，成为日本殖民当局“以台制台、以台治台”的工具。一直到1945年4月，日本帝国议会才决定战后给予朝鲜和台湾人国会议员名额和选举权，然而当年8月，日本天皇宣布投降。台湾人事实上一天日本人都没有当过。
日本人占据台湾后不久，便以此为基地展开对福建的侵略。日本在台殖民当局作为日本实施所谓“南进战略”的前锋，专门针对福建制订了侵略政策。日本侵略者最初计划对福建进行军事侵略，1900年8月25日，日本在台殖民当局派遣陆军渡海，准备占领厦门，列强反应强烈，英、德、美、俄都将战舰开进了厦门港，英军陆战队登陆英租界，日军被迫撤军，史称“厦门事件”。受到“厦门事件”的影响，日本此后着力通过各种方式对福建进行文化渗透。
一战后全球“民族自决”思潮高涨，日本国内社会氛围也有所改变，日本殖民当局因而调整统治政策，实施“内地延长主义”，于1919年起改派文官“总督”，企图把台湾人民教化成日本国民。日本在台湾大搞殖民教育，推广日语，灌输奴化思想。日据当局将台湾当做“新领地”，将日语当做“国语”，强制台湾人民学习日语，并且逐步限制和禁止汉语教学。台湾著名诗人和学人洪弃生日据时期曾以开馆授徒、教习汉文为业，在日人限令和禁令之下无法生存。台湾民众在极度的歧视下基本无法进入更高级别的学校读书，也无法学习政治、法律等社会科学的科目，只能接受技能培训式的教育以满足日本殖民统治的需要。当时在台湾同样的职级台湾人的工资只有日本人的三分之二，台湾人念的学校规模比日本人念的学校大好几倍，但得到的师资和经费支持却远远少于后者。台湾人念的公学校课程内容强调语文和修身，教育好好做日本的顺民；日本人的学校则重视文学、知识和科学。在台湾人与日本人合校的学校里，台湾人不能当第一名，如果日本人没有第一名，台湾人只能当没有第一名的“第二名”。
在风俗方面，日据当局在台湾各地建日本神社，同时发动“寺庙神升天”、“寺庙整理”，妄图禁毁中国寺庙，禁止台湾人民拜中国神明。据统计，在日本最初20年殖民统治下，台湾有40万人被日本殖民者所杀害。殖民当局还组织大量日本人向台湾移民，1938年，约有30.9万名日本人定居于台湾，台湾光复后大多被遣返回日本。日据时代初期，台湾的行政区划设置比较混乱，日本殖民当局在1901年承袭清朝区划设为二十厅，1909年合并为十二厅，最终在1926年稳定为五州三厅（日伪“台北州”、日伪“新竹州”、日伪“台中州”、日伪“台南州”、日伪“高雄州”、日伪“花莲港厅”、日伪“台东厅”、日伪“澎湖厅”），并相当程度上影响了日后台湾的行政区划。
“皇民化运动”、日本强征慰安妇、“台籍日本兵”（1937-1945）
1937年，日本军国主义者悍然挑起“卢沟桥事变”，发动了蓄谋已久的全面侵华战争。为彻底动员支持战争，日本侵略者重派武官“总督”镇台。1936年9月，日本政府任命海军大将小林跻造任“台湾总督”，台湾被作为日本进军东南亚的跳板与侵略战争的人力资源储备。小林跻造在台湾开始推行“皇民化运动”，极力强化皇民思想教育，强制普及日语，鼓励养成日式生活、改日本姓氏、奉祀日本神道教神祇等，强迫台湾人民放弃中国传统信仰和烧毁祖先牌位，企图从精神层面消灭台湾人民的民族意识，将台湾人民同化为日本的“忠臣良民”。1939年，日本在《台湾总督府警察沿革志第二编》的决序中，坦白承认：“台湾人的民族意识之根本起源乃系于他们原是属于汉民族的系统。”因此他们特别注重从根本上灭绝汉民族文化传统，消灭台湾人民的民族意识，代之以日本的文化传统和归顺“天皇”的臣民意识。当时殖民统治者记录了大量台湾人民抗日活动的案例，都标为机密文件，讳莫如深。对外则不断宣传所谓“皇民化”的成果，欺骗台湾人民。但是台湾人民并没有屈服，他们坚持自己的民族传统，自发抵制更换日式姓名，坚持暗中使用汉语，开展中文保存运动。日本侵略者最终不得不承认：（台湾）“改隶已经过了40余年，但现在仍保存着以往风俗、习惯、信仰，这种汉民族意识不易摆脱。盖其故乡福建、广东两省，仅一水之隔。在台湾人的观念里，这些华南地方，平素视为父祖坟茔之地，思慕不已”。台湾社会始终延续着中华文化的优秀传统，即使在日本侵占的50年间，这个基本情况也没有改变，台湾同胞从来就是中国人，始终不是日本侵略者所谓的“新领地人民”。在台湾被侵占的50年间，台湾同胞保持着强烈的中华民族意识和牢固的中华文化情感，打心眼里认同自己属中华民族。
太平洋战争末期的1942年起，日本殖民当局开始向台湾人募兵，大量征集台籍日本兵当“炮灰”，甚至加入自杀性攻击的“神风特攻队”，造成台湾各族青年的大量伤亡。1941年，收容于贵州镇远“和平村”（国民政府军政部第二俘虏收容所）的“台籍日本兵”林婉仲在觉悟后致信台湾义勇队称：“日阀”欺骗他们，送他们上战场，让他们“毫无意识地惨戮祖国的同胞”。1943年至1944年在海南岛有万余名被日本强征的台湾兵起义，起义失败后，7000多人遭杀害。然而，仅在海南岛一地，就有4000余台湾兵成功地参加到抗日队伍中。在抗日战争期间，日军经常采用极端暴力的手段来劫掠包括中国台湾省妇女在内的中国、朝鲜、韩国和东南亚等地妇女，台湾省内至少有1200名妇女成为日军“慰安妇”制度受害者。“慰安妇”制度严重违反和践踏了国际法，包括禁止奴隶制度、战争罪和危害人类罪的规定，给受害者造成的影响和伤害远远超出了行动本身。这些受害者不但要忍受非人的奴役、侵犯和虐待，幸存者还要忍受情感的折磨、心理的受损、身体的伤害、疾病、社会的排斥以及许多其他可能给其生活带来毁灭性打击的后果。
台湾空战、台北大空袭（1944-1945）
二战末期，继盟军反攻欧洲的作战收成之后，亚洲西太平洋战场方面，美军拟订“君王二号作战”，准备收复菲律宾。1944年10月12日至同月16日，日军陆上基地战机与美国第38特遣舰队，在台湾海域进行激烈的空中战役。1944年至1945年，作为日本侵略者南进基地的台湾成为了以美军为主的盟军轰炸的目标，台湾全省各大城市都笼罩在战争的炮火下，共遭受了25次大空袭，受波及的台湾农工生产值于抗战结束前的1945年降到最低，其中1945年5月31日的台北大空袭造成超过3000人死亡、数万人受伤、大批台北居民无家可归。二战时日本将台湾作为侵略亚洲与南太平洋的基地。以让美国头疼的神风特攻队为例，自杀飞机就是从台湾起飞。侵略者是日本，台湾却是战场，被视作轰炸的目标。而且在此次轰炸中，台湾伤亡者是日军的数百倍之巨，原因是日军早已躲进良好的防空洞或壕沟内。
日据时期的经济掠夺
日本占领台湾后，在经济上对台湾人民进行残酷剥削和压榨，以此来增强日本的经济实力，为其进一步的侵略扩张服务。日本殖民当局大肆掠夺台湾人民的土地，霸占台湾的林业资源，向台湾人民强征各种苛捐杂税，实行专卖制度从台湾人民身上榨取巨额财富，还利用近代垄断企业对台湾进行经济掠夺。
1898年7月，殖民当局公布了《台湾地籍令》《台湾土地调查令》，同年9月设立“台湾临时土地调查局”，对全台土地重新测量、造册，作为开征地税的依据。在1898至1904年间，殖民当局对全台进行多次土地调查。此前，全台湾土地约有36.7万甲（一甲约为16亩），地税每年86万余元；经调查后，确定应课税土地77.7万甲，一年征税298万余元，暴增3.5倍。殖民当局从调查中巧取豪夺台湾人民的土地，到1942年占台湾人口5％的30万日本人，拥有全台湾72％的耕地；而600万台湾本地人只能保住全台湾28％的土地。1910—1944年，殖民当局进行“林野调查”，被查的78.32万甲森林及田野，97％被列为“官有地”，明目张胆地抢占原有的公共土地。
殖民当局巧立50多种税捐，对台湾人强征苛捐杂税。1896年，台湾除了地方税之外的中央租税额为200余万元，到1943年猛增54倍，达1.08亿元。殖民当局垄断台湾的专卖业及外贸。1896年起，将人民必需的食盐列为政府专卖，利用行政权力让日商独霸台湾盐业。1914年全台湾盐业集中在10家日商手上，他们通过买卖专利攫取了达经营成本10多倍的暴利。
日据时期从1899年起实施樟脑专卖，包括原料供需、生产费用、脑丁操控、生产调节，乃至于再制、精制樟脑、及赛璐珞的生产销售等，全由殖民当局垄断，为确保樟脑产地与原料，更不惜发动“理蕃”战争迫使少数民族屈服。据悉，日本殖民统治时期台湾樟脑的专卖收入，是殖民当局极重要的财政收入来源，其中樟脑收入在1897年至1907年，每年大约占当年度岁入的10%至20%。
烟草专卖也让日本刮走不少暴利，1905年为149万余元，到1930年增至1570万元，1941年再增至4100万元。1921年起实行酒类专卖，此前每年征酒税100多万元，到1936年暴增至2400万元。此外，稻米、茶、香蕉、砂糖等台湾的特产，殖民当局也一一通过专卖方式交给日本商人发财。殖民初期，日本实行“农业台湾，工业日本”的经济政策，榨取台湾廉价的粮食与原料，推销日本的工业产品，以甘蔗、稻米为中心的商业性农业飞速发展，但利益多被日本财阀所垄断。据统计，到1934年，台湾输入日本的稻米已达51.5万吨，占台湾当年稻米生产总量的一半左右。粮食掠夺般地输往日本，造成物产丰富、土地肥沃的台湾岛内粮食严重缺乏，历史上称这种残酷而又“怪异”的现象为“饥饿输出”。日本殖民者在台湾的经济掠夺尤以制糖业最为典型，曾有历史学家称：“一部台湾糖业史，就是一部日本殖民史。”日本殖民当局无理地规定，台湾蔗农生产的甘蔗只能卖给当地日本控制的制糖会社。通过强制性的垄断，每年90%以上的台湾糖输入日本，台湾的糖价也一跌再跌，台湾蔗农成为日本糖业资本家的奴隶。
为了加大对台湾的掠夺以及加强日本对台的经济统治权，殖民当局将税收所得投入经济发展所需的社会经济建设中，台湾全岛开始电气化，日本在台湾还修成了贯穿全岛的铁路，开拓高雄、基隆两港，这些都是为了促进农业的商业化，并使台湾和日本产生更进一步的联结关系。
日据时期，日本土木工程师八田与一建造了台湾乌山头水库及嘉南大圳。日本在台建造水利工程，为的是以极低的价格收购台湾产出的甘蔗和稻米，日本人当时在台湾的前五大糖厂一年的净利润，就超过嘉南大圳十年建设的投资。在上世纪30年代，岛内稻米产量迅速增长，但台湾人均稻米消费量却逐年下降，大部分人只能以劣等米和地瓜充饥、挣扎度日。日本人的统计显示，日据50年间台湾人平均稻米消费量下降超过三成。这完全是因为日本殖民统治者将台产稻米源源不断地运回日本，或送到军队充当军粮。嘉南大圳工程完成后，使用的权力完全由日本人掌控。日本政府更强迫台湾农民种甘蔗，否则就不准用嘉南大圳的水，还把台湾九成以上的糖都运到日本，赚取巨额利润。阿里山森林铁道是日据时代日人觊觎阿里山丰富的森林资源，为掠夺阿里山森林资源、运送木材而兴建。日本人占领台湾后，发现了日本本国没见过的桧木，于是开始滥砍盗伐。几十年时间，阿里山的桧木几乎被砍光。
这些铁路、公路及机场的建设资金，日本政府一毛不拔，完全靠在台湾发行公债筹集。从1899—1904年，台湾总督府发行第一期公债3145万元，平均每位台人负担10元以上。1908年发行第二期公债3899万元，平均每位台人增加913元负担。而且，殖民当局通过发行公债，滥发钞票，榨取台民。这些基本建设，表面上看让人民得到不少方便，但是，得益最多的是殖民当局及日本商人。利用这些交通工具托运货物的以日商为最多，乘搭这些交通工具的也多是日本人；在邮局发送信件，日本人比台湾人多29倍，包裹多69倍，电报多82倍，电话多40倍。台湾总督府的财政收入和建设费用，全部课自台湾人民。1909年开始，台湾总督府的岁入开始有剩余，在40年间增长20倍，因此，大量上交给日本国库，而留给台湾的教育经费只占3.8％，社会民生福利事业经费只占1％而已。
日本殖民者借助金融改革，将台湾对外贸易转移到日本，以便日本殖民掠夺。总督府实行经济管制，挤压台湾本土资本企业，使其难以与日本资本竞争，台湾的银行“吸收台胞存款，以低利贷予日人，台湾同胞向他处借款，所付利息比日人高二倍至五倍”，致使台湾本土资本企业面临财政困难终破产，台人为维持生计只能成为日本廉价的劳动力。1911年颁布《台湾施行货币法》规定统一日台币制，“避免影响日台贸易不能圆滑进行，妨碍日本商工业者对台湾的投资”，将台湾完全纳入日本经济圈，在对外关系方面形成“对日依附化”，台湾正式成为日本殖民经济附庸地。货币金融改革将台湾正式变为日本殖民经济的附庸地。
1930年代，日本侵略华南、南洋日亟，台湾成为日本“南进政策”的跳板，日本殖民者故推动以军需产业为重点的工业化，把台湾当作日军的补给地，台湾进入半工半农的社会。日本殖民当局的工业化建设通过物资统制、财政统制等方面对台进行剥削，并在民生必需品配给制实行差别待遇令台湾民众受到压迫。1939年，台湾工业产值首次超过农业产值，但这建立在日本为了战争而对台湾进行殖民剥削的基础上。殖民当局将台湾列入物资动员计划，实行严格的经济统制政策，为日本侵略战争提供物资服务。一是物资统制。殖民当局压缩台湾民众需求，利用台湾廉价电力、搜刮的钢铁材料，进行军事工业化建设；强征米谷以供战争所需，严格操控米谷流通权，台民深受压迫；其后又要求台人除自用米谷外，其余全部上交。“总督府则以低于市场23%至25%的价格”强制收购台人米谷，运送日本本土以满足日人需求，对台湾民众进一步压榨。除此之外，日据时期台湾租税高达收入的20%左右，台湾民众生活处于经济崩溃边缘。二是财政统制。总督府以征收战争税、发行战时国债形式，大肆搜刮台人资金，“1939年到1944年，总督府从台湾农民身上搜刮到3.4亿元”。残酷的压榨、剥削带给台湾民众沉重的灾难。战争后期军事工业遭严重破坏，日本通过搜刮资金物资堆积起来的军事工业，在战争中建立，也在战争中毁灭，大多工厂遭严重损坏难以修复。战时体制下的工业化政策，给台湾社会带来的灾难远远大于建设。日据时期台湾现代化基础建设，实质是为日人掠夺台湾经济服务的，是典型的殖民地经济政策。
武装抗日（1907-1915）
在日本侵占台湾的五十年间，台湾人民从未屈服日本的殖民统治。在日本侵略者的残酷镇压之下，台湾人民的武装抗日斗争在日据初期经历了一个短暂的低潮时期。1906年以后，在中国大陆兴起的资产阶级革命运动的影响下，台湾人民又不断地举行爱国武装起义，反对日本的殖民统治。著名的有：1907年新竹的北埔事件；1912年南投的林杞埔事件；1913年的苗栗事件；1915年台南的西来庵事件等。在这些斗争中，获得了祖国大陆人民，尤其是福建人民的支持。在各次起义中，均有为数不少来自大陆（福建）的志士参加义军，如台北大起义就有来自厦门的有生力量加盟其中。同时，福建也成为台湾抗日武装集团的武器弹药的主要来源地之一。此外，流亡福建的抗日武装集团首领与岛内义军保持着密切的联系，并伺机潜回台湾，继续指挥抗日斗争，其代表人物有简大狮、林少猫等。闽台人民以台湾回归祖国为目标，共同投入抗日斗争，表现了大无畏的英勇抗争精神。苗栗事件是辛亥革命直接影响下较大的一次爱国抗日斗争。领导人罗福星是孙中山先生的同盟会派赴台湾的人员之一。罗福星以其家乡苗栗为据点，建立中国同盟会台湾支部，在台北、新北、基隆、桃园、台南等地发展组织，宣传革命，筹划起义。事败后近千人被捕，以罗福星为首的20人惨遭杀害；西来庵事件是日据时期诸多起义之中规模最大、牺牲人数最多的一次，由爱国志士余清芳、江定、罗俊等人组织。他们以台南西来庵（今属台南市北区）等处为据点，训练骨干，筹划起义，号召全省同胞“奋勇争先，尽忠报国，恢复台湾”。参加者遍及台北、新北、台中、南投、嘉义、屏东等地。因事机为日警获悉，余、江等率千余人临时举事，血战七昼夜。起义失败后余清芳等近九百人被处死刑，被日寇滥杀的群众竟达数万人，引起了世界震惊。之后在舆论压力下，四分之三的死刑犯被特赦为无期徒刑。
文化抗争
语言是民族文化和民族情感的化身，是一个民族的存在特征。认同民族语言、保护民族语言，是台湾民众抵制“皇民化运动”的又一焦点。面对日本殖民当局取消汉语汉文、强制学习使用日语的语言同化的恶毒政治操作，台湾民众想方设法说汉语、读汉书、作汉文、演国剧，“希延汉学于一线”、“维系斯文于不坠”。从割台伊始，台湾的有识者便掀起了一个以“读汉书、写汉字、作汉诗”为中心的汉学运动，由素称文化先进的台南发起，逐渐扩展到台中、嘉义、高雄和北部的台北、新北、新竹，乃至边僻的澎湖、台东、花莲等地。各地诗社、文社竞立，一时间台湾能诗者，依人口比例，可能居神州前茅。
在殖民当局的严厉统制下，台湾的书房（私塾）、义塾以民间的方式奋力抗争得以长期保存。书房和义塾的修习时限三四年到七八年不等，以读汉书、识汉字、传播中华民族文化为主。“尽管是一种旧式教育，但许多家长和学童却宁愿选择书房，而不愿进日本人设立的“国语”（日语）讲习所或公学校。”即使日本殖民当局颁布《书房义塾规则》，严格规定书房义塾须接受地方官员监督，教学内容要以公学校为准，人们对私塾的青睐也未受到影响。日本殖民当局下令封闭所有书房义塾后，地下私塾教学也从未停止，“仍然有人改变方式，作为家庭教师而继续进行教学”。在极端残暴的殖民统治下，义塾和书房成为台湾同胞传播汉学的重要阵地，对台湾沦为异族殖民地后保存和延续汉民族文化起到了重要作用。1919年“五四运动”后的文化抗日
西来庵事件被镇压后，台湾人民认识到军事实力的悬殊，于是开始以和平方式争取民主与自治，从此由武装起义转型为社会及政治抗争运动。第一次世界大战后，在俄国十月革命和中国大陆的民族民主革命运动的巨大潮流影响下，台湾人民进一步掀起了有组织的民族解放运动的高潮，并和中国大陆的革命斗争密切相联系，成为中国民族解放运动的重要一环。与此同时，历经第一次世界大战，西方列强对殖民地的统治权威遭到动摇，民主与自由思想风靡一时，民族自决主义更弥漫全世界；而日本国内的政治生态也有了改变，日本正处于由藩阀政治与官僚政治转型到政党政治和议会政治的所谓“大正民主”时期，对台湾的殖民统治也以同化政策为基本方针。
1920年1月，受五四运动的直接影响，留日台湾籍青年学生在东京创立“新民会”，并仿照北京的《新青年》发刊《台湾青年》杂志，进行民族主义思想的启蒙宣传。随后，留日和旅居北京、上海、广东、福建、湖北、江苏等地的台湾籍学生相继成立“台湾青年会”“台湾学生联合会”等组织。1920年代，以林献堂、蒋渭水为首的一批台湾爱国志士成立与发展了台湾文化协会和台湾民众党，作为台湾新兴的民族资产阶级的政治代表登上政治舞台；台湾全省各地出现大规模的农民运动，进而串联为全省性的组织“台湾农民组合”，是日据时期台湾最大的农民运动团体。在农合组织领导下，反抗日本殖民掠夺和地方剥削的斗争如火如荼地开展起来，仅1927-1928年就发动了420起抗争事件。
1928年4月15日，在中国共产党的指导和影响下，林木顺、谢雪红、翁泽生等人在上海正式召开了台湾共产党的成立大会，台湾共产党宣告成立，中共中央代表彭荣和朝鲜共产主义者代表吕运亨也出席了会议。各派政治力量急速组合，各种工潮此起彼伏，工人的阶级意识迅速提高，1920年代的台湾在历史上首次出现了农民运动和工人运动蓬勃发展的局面。台湾文化协会、台湾民众党、台湾共产党、台湾农民组合等组织把自身的经济利益同民族的阶级的利益结合起来，一同领导了民族抵抗运动，通过非暴力的政治、社会运动为台湾人民争取权益。
面对台湾人民发起的社会运动和政治斗争以高密度、高强度之势蓬勃展开，日本殖民当局开始进行全面镇压。台湾文化反抗运动的旗帜刊物《台湾青年》，在岛内被禁止出版，无奈只得于1920年远赴东京创刊。杂志在销往台湾的过程中，文章还屡遭总督府查禁。台湾爱国士绅林献堂等人发起的请愿废除“六三法”的政治组织，只能将总部设在东京。1929年2月12日，台湾农民组合与台湾共产党数千名成员被捕，史称“二一二事件”。1931年，台湾民众党被查禁，依附于台湾民众党的团体也趋于式微。1937年日本全面发动侵华战争之后，殖民当局严禁一切社会运动。孙中山先生在中国民主革命时期，同祖国宝岛台湾结下了不解之缘。他曾四次访问或过境日本霸占下的台湾岛，给台胞留下了深刻印象。他领导的辛亥革命的胜利，激发起台湾人民一系列反抗日本殖民统治的武装起义。孙中山先生在病中仍念念不忘台湾同胞，关心台湾同胞的革命事业，他为中国民主革命鞠躬尽瘁以及他对台湾同胞视为一体的关注，令爱国台胞的心目中留下不可磨灭的印象。孙中山先生逝世时，期盼中国革命成功从而摆脱殖民统治的台湾同胞，对他们十分崇敬的一代伟人，表达了深深的哀悼。
少数民族抗日的“雾社事件”（1930）和“太鲁阁战争”（1914）
台湾少数民族英勇不屈、前仆后继的反殖民抗日斗争中，规模最大的是1930年由高山族赛德克人莫那·鲁道所领导的雾社事件。居住在台中浊水溪上游山地雾社的高山族人民，因不堪日寇的奴役和压迫，于1930年10月27日举行武装暴动，这就是震撼中外的雾社事件。他们在袭击13处日本警察派出所后退入深山。事发后日本殖民当局立即调集1400多名军警，以飞机、山炮、毒气等武器强力镇压，而起义的赛德克人借山林险隘顽强抵抗36天，最终不敌日寇的强大武力，身为起义领袖的莫那·鲁道饮弹自尽，参与起义的各部落几遭灭族，数百位高山族赛德克人在宁死不屈下集体自戕以殉。参与抗日的雾社部落共1236人，有343人战死，296人自缢。1896年至1914年，高山族太鲁阁人首领哈鲁克·那威也率领族人与日本殖民者周旋长达18年。1914年5月，日本殖民台湾时期的第五任总督佐久间左马太亲率2万正规军两路夹攻，哈鲁克·那威率3000名族人迎战，这是一场发生在3000米高山上的战斗，也是日本侵略者使用机枪大炮对原始部落进行强势侵略的历史铁证，史称“太鲁阁战争”。双方僵持2个多月后，太鲁阁人被日军残酷镇压，而日军死伤达364人。
海峡两岸中华儿女共赴中国人民抗日战争（1937-1945）
日据台湾时期，台湾同胞的抗日斗争是全民族抗战的重要组成部分。1937年日本制造“七七事变”，中国人民抗日战争全面爆发，许多台湾青年纷纷加入到祖国抗战的行列中来，与全国人民同生死、共患难，为抗战胜利和台湾光复做出重大贡献。他们或者到重庆，或者去延安，积极参加抗日工作。台湾抗日英雄丘逢甲之子丘念台组建了东区服务队，在广东惠州、潮州、梅县（今属梅州）一带开展抗日活动。1938年在高雄等地发生了两起反战暴动，先后有400余人被捕、200余人牺牲。1939年因反抗日本殖民者“拉军夫”，600多名台湾同胞被杀害。1939年，秉持“欲救台湾，必先救祖国”理念，旅居大陆地区的台湾人民在浙江、福建两省政府及中国共产党的支持下成立了抗日武装力量台湾义勇队，主要领导者为李友邦，是抗战期间大陆唯一一支有正规编制的台胞抗日队伍。1940年4月，中共代表董必武代表中国共产党向国民政府提出：“我与敌（日本）为交战国，应即宣布《马关条约》无效，认为台湾亦在应收复之失地范围”。之后，董必武、张澜等人在国民参议会上联合提出收复台湾的提案。1941年9月成立的台湾革命同盟会，在宣言中指出：“祖国的命运，亦即台湾的命运。祖国存，则台湾亦存；祖国战胜，则台湾光复，否则沉沦。”1941年太平洋战争爆发后，12月9日国民政府发布《对日宣战布告》，明确昭告中外：“所有一切条约、协定、合同，有涉及中、日间之关系者，一律废止”。《马关条约》自属废止之列。
主词条：开罗宣言、波茨坦公告、台湾光复、告台湾同胞书、九二共识《开罗宣言》和《波茨坦公告》奠定战后国际秩序的法律基础（1943-1945）
第二次世界大战期间的国际条约与协定重新肯定了台湾是中国领土不可分割的一部分。
在第二次世界大战中，为了反对德、日、意法西斯轴心国，中国与美国、苏联、英国等国结成同盟国。1943年11月22日至26日，中国、美国和英国三国政府首脑在埃及首都开罗举行会议（史称“开罗会议”），签署了《开罗宣言》，并于12月1日公布。《开罗宣言》中规定：“日本所窃取于中国之领土，例如东北四省、台湾、澎湖群岛等，归还中国”。《开罗宣言》谴责了日本自中日甲午战争和九一八事变以来对中国的侵略，确认了东北、台湾、澎湖列岛都是中国的固有领土，肯定了中国收复这些领土的神圣权利。宣言的发表对加速日本的投降有重要作用，成为战后处理日本问题的重要依据。这既是半个世纪以来中国人民英勇斗争的成果，也是世界反法西斯力量共同努力的结果。1945年7月26日，中国、美国和英国三国，后又有苏联参加签署的《波茨坦公告》中重申“《开罗宣言》之条件必将实施，而日本之主权，必将限于本州、北海道、九州、四国及吾人所决定其他小岛之内”。世界各国包括西方主要国家，都以多种方式对《开罗宣言》等文件的法律效力及台湾回归中国，予以确认。中国拥有台湾主权的国际法程序和内容，都是完备的，并成为战后国际秩序及格局的重要组成部分。
迎接光复
与此同时，在黑暗中艰苦奋斗的中国共产党人念念不忘台湾问题。1943年6月，中共机关报《新华日报》发表社论《台湾回到祖国来》，明确提出“台湾是中国的一部分，呼唤别离祖国近五十年的台湾踏着艰苦斗争的血路回来。”中国共产党为坚持抗战、光复台湾，还根据不同地区的实际，提出了相应对策。在台湾，加强抗日力量的领导，秘密发展党的地下组织和党员；在大陆，支持台胞的复土复省运动；对国民政府在抗战后期为光复台湾所进行的国际活动，予以支持。为了迎接光复，1944年4月，国民政府设立“台湾调查委员会”，任命陈仪为主任委员，对当时日据下台湾的政治、军事、经济、民生等进行颇为详细的调查，对将来接收台湾所需要的人才，也做了统筹考虑。台湾警察干部训练班就此诞生。抗战胜利和台湾光复（1945）
1945年8月15日，日本宣布接受《波茨坦公告》中的条款，无条件投降。这意味着日本必须接受台湾回归中国的规定。至此，中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争取得最终胜利。中国人民经过14年的艰苦抗战，付出巨大的牺牲，终于同全世界人民一道打败了日本侵略者，使台湾重新回归祖国的怀抱，结束了台湾人民蒙受日本奴役的屈辱历史。台湾的光复，是全体中国人民团结抗战胜利的结果，是中国军民伤亡达3500万人以上用生命与鲜血换来的胜利果实。
中国政府将台湾岛、澎湖列岛划为中国战区的第15受降区，任陈仪为受降主官，受降办理地点为台北。经历日本50年殖民压迫的台湾民众奔走相告，相拥而泣。入夜之后，不少家庭焚香祭祖，面向大陆，告慰祖先在天之灵。此后的几天里，台湾街头锣鼓喧天，爆竹声声，台湾人民用能够想到的一切欢庆方式表达自己对回归祖国的喜悦之情。当时的《台湾日日新报》等台湾媒体上，均有大量商家行号刊登欢庆台湾光复的广告。在等待祖国接收的日子里，台湾人民表现了高度的爱国热忱和高度的自治能力，全省街上锣鼓喧天，鞭炮声不断，户户张灯结彩，台湾人民掀起了学习现代标准汉语的热潮，全省各大市镇都有当地青年自发组织地方团体，接替了日本殖民官吏来维持地方秩序，管理行政事务，修桥补路，打扫街道，保护日本留下的敌产，以便让国民政府能顺利接收，台湾全省整体局势平静而稳定。10月15日，中国军队在台湾省基隆港登陆，基隆港码头人山人海，人人皆以目睹祖国的军队来到为快。军队登岸后，数十万民众夹道欢呼。台湾人民诵着南宋爱国诗人陆游《示儿》“王师北定中原日，家祭无忘告乃翁”的诗句，唱着《欢迎歌》等庆祝歌曲，表达台湾人民的欢欣鼓舞和热烈欢迎。
1945年10月25日上午十点，同盟国中国战区台湾省受降仪式在台北市公会堂（今中山堂）举行。在中国战区台湾省受降典礼上，日本最后一任台湾总督兼日军第十方面军司令官安藤利吉在降书上签字。中国受降官陈仪代表中国政府庄严宣告：“自即日起，台湾及澎湖列岛已正式重入中国版图，所有一切土地、人民、政事皆已置于中国政府主权之下。这种具有历史意义的事实，本人特报告给中国全体同胞及全世界周知。现在台湾业已光复。”为永久纪念台湾从日寇统治下重归祖国怀抱，10月25日被定为“台湾光复节”。抗战胜利、台湾光复，是两岸同胞共同的胜利。台湾同胞为回归祖国、回归中华民族大家庭而欢欣鼓舞。台湾人民欢天喜地，家家户户张灯结彩，全省各城镇乡村的男女老少，如过新年一般的欣喜若狂，纷纷祭告祖先，通宵欢饮，庆祝回到祖国怀抱。即使去台湾大山深处，也是这番情景。1945年10月18日，《台湾新报》载文报道：居住在“新竹州下竹东、大洲及兰阳方面山界”的少数民族，“听到日本降伏之喜讯，也同我们兄弟一样，高兴得手舞足跳，他们极喜欢，切实要变中华民族”。
台湾光复当日及其后数天，全省民众有组织和自发举行了各种形式的光复庆祝活动，当时最响亮的口号是“庆祝台湾重返祖国”，台北市30万人不分男女老幼，皆盛装而出，欢呼歌舞，三天三夜不断地举行火炬大游行。当时出版的报纸真实地写道：“抗战胜利，日本投降，台湾的中国人称得起普天同庆。‘祖国’一词在台湾最具有神秘的魅力，提到她，须发皆白的老人会流泪，年轻人会激动。”根据当时的记载，“首府台北40余万市民，老幼俱易新装，家家遍悬彩灯，相逢道贺如迎新岁，鞭炮锣鼓之声响彻云霄，狮龙遍舞于全市，途为之塞”，兴奋热烈欢庆回归之情无法笔墨形容。台湾省其他县市也都举行了大规模的欢庆活动。这样热烈的情况也反映在台湾社会的士绅和知识分子，这些台湾省的社会精英对于回归祖国后的新时代充满抱负和期待，他们对于地方政治开始产生兴趣，兴起参政的热潮。
光复初期的台湾和“二·二八事件”（1945-1949）
台湾光复后，国民政府将台湾设置为中国的一省，台湾省下辖8县（由日据时期日伪的五“州”三“厅”改制）、9个省辖市（由日据时期日伪的“州辖市”改制），省会定于台北市。九市：台北市、高雄市、屏东市、嘉义市、基隆市、台中市、台南市、彰化市、新竹市。八县：台北县、高雄县、澎湖县、台中县、台南县、新竹县、台东县、花莲县。
国民政府设立与中国大陆省级行政体制不同的台湾省行政长官公署作为台湾省最高行政机关，实际拥有行政、立法、司法、军事各项大权，任命陈仪为台湾省行政长官公署行政长官。然而，接管台湾的台湾省行政长官公署施政失当，官员贪污腐败，军警横行，社会上粮食匮乏、物资短缺、物价飞涨、失业严重，引起台湾人民强烈不满。1947年2月28日，台湾省台北市民众为反抗国民政府的暴政、抗议军警打伤市民，举行大规模示威游行。2月底3月初，台湾各地民众纷起响应，夺取武器，举行暴动，并攻占台中、嘉义等城市。与此同时，日本、美国等境外势力又介入其中。国民政府从大陆调来大批军警、特务，对事件进行残酷镇压。“二·二八事件”是台湾人民反对专制统治争取基本权利的正义行动，是中国人民解放斗争的一部分。国民政府在“二·二八事件”后将台湾省行政长官公署改组为台湾省政府。1949年后
1949年10月1日，中华人民共和国成立，中华人民共和国政府取代中华民国政府，成为全中国的唯一合法代表，这是在同一国际法主体没有发生变化的情况下新政权取代旧政权，中国的主权和固有领土疆域并未因此而改变，中国领土和主权的完整性、同一性、连续性并未受到影响。与此同时，1949年，国民党在内战中失利，蒋中正（蒋介石）率部分国民党军政人员退踞台湾，并将大陆许多的故宫文物、国库资产与相关档案等带到台湾。1945年至1950年，中国大陆各地有近200万军民迁入台湾。1949年5月19日，国民党当局颁布《台湾省警备总司令部布告戒字第壹号》（简称台湾省戒严令），宣布台湾处于战时动员状况，封闭全省，限制出入境，实行军事管制，封锁大陆消息，严禁一切违禁的言论、出版和罢工、游行等活动。12月7日，国民党政府迁至台北市。12月11日，国民党中央党部迁至台北市。至此台湾再次陷入与中国大陆的分离状态之中。尽管台湾与祖国大陆尚未统一，但中国主权和领土从未分割，两岸同属于一个中国的事实从未改变。
正当中国人民解放军着手进行解放台湾的准备时，1950年6月25日，朝鲜战争爆发。美国借机派军队进入台湾海峡，阻挠人民解放军解放台湾，并扶持国民党统治集团，由此产生了台湾问题。1954年12月2日，美国政府不顾中国政府历次的反对和警告同台湾蒋介石集团签订了所谓《共同防御条约》。
1949年前后，中国人民解放军按照党中央关于解放台湾的决策部署，秘密派遣1500余名干部入台。由于叛徒出卖，岛内地下党组织遭到严重破坏，大批地下党员被捕，其中被国民党当局公审处决的有1100余人。北京西山国家森林公园里的无名英雄纪念广场就是为纪念这些牺牲于台湾的大批隐蔽战线无名英雄而建。
1950年，台湾行政区划大幅调整，由继承日据时期“五州三厅制”的“八县九省辖市”改成“十六县五省辖市”，并裁撤区署。析台中县设彰化县、南投县；析台南县设嘉义县、云林县；析高雄县设立屏东县；析新竹县设立苗栗县，析新竹县设立桃园县，析台北县设立宜兰县；裁新竹市入新竹县；裁嘉义市入嘉义县；裁屏东市入屏东县；彰化市裁入彰化县。1955年，中国人民解放军解放浙江省大陈岛、南麂山列岛。国民党军队从大陈岛撤退后，台湾当局的实际控制范围为台湾省全境、福建省的金门马祖地区、广东省和海南省部分南海岛礁，这一格局延续至今。
国民党迁台后进行大规模党务改造运动，建立起蒋氏父子对国民党的绝对控制权，经济上进行财政整顿，改革币制，稳定物价，实行土地制度改革，恢复与发展农业生产，并开始兴建许多大型水利、交通等基础设施（如石门水库、横贯公路等）。1953年，台湾经济已逐渐恢复到战前水准。1958年，台湾人口达到一千万。
国民党在戒严体制下巩固与强化专制统治。1960年，蒋中正通过修订《动员戡乱时期临时条款》获得连任而成为台湾当局终身领导人。同时，国民党统治集团的最高权力开始向蒋经国过渡。在“白色恐怖”的统治下，蒋氏父子对党政军进行严格控制，对反对势力采取严厉打击的高压政策。国民党统治集团在台湾发动了系统的清除运动，在岛内全面肃清共产主义者、社会主义者、左翼文人等进步力量，台湾社会人人自危，肃杀气氛浓重。
由于得到美国、日本等外国资本的支持，实施利于经济发展的政策，承接美国、日本等发达国家的产业转移，日据时期的基础，美国提供数十亿美元经济军事援助和运用从大陆运去的黄金、美钞等外汇以及从大陆赴台的人才，台湾经济从1960年代开始进入快速发展时期。
1960年代，台湾形成出口导向型经济发展模式，工业占经济中的比重逐渐超过农业，到1973年第一次石油危机为止长期保持年均两位数的经济增长率。1966年，台湾当局成立加工出口区高雄园区，这是全球第一个加工出口区。1966年，台湾当局开始推行中华文化复兴运动，促进了教育水平的提高和中华文化的流传。1968年，台湾的义务教育从6年延长到9年。1967年、1979年，台湾当局先后升台北、高雄为台湾当局“直辖市”。1982年，析新竹、嘉义两县设立新竹、嘉义两省辖市。1971年10月25日，第26届联合国大会通过联合国大会第2758号决议，决定恢复中华人民共和国在联合国的合法权利，并立即把蒋介石的代表从联合国组织及其所属一切机构中所非法占据的席位上驱逐出去。1970年代，台湾进入经济起飞时代，由于第一次石油危机带来的全球经济不景气，1973年11月，台湾当局行政部门负责人蒋经国推动“十大建设”来稳定台湾经济发展。蒋中正（蒋介石）于1975年4月5日去世后，由严家淦继任台湾地区领导人至1978年届满。1978年，蒋经国当选台湾地区领导人，此后他担任台湾地区第六、七任领导人，1988年于任内逝世。1970年代，台湾产业形态由以农渔业为主转型为以工业制造业与商业服务业为主，台湾经济发展迅速。1978年，全长374.3千米的中山高速公路建成通车，其连接台湾西部各大都市、城镇以及台湾南北两大港口高雄港与基隆港，是中国第一条高速公路。1979年，中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会（全国人大常委会）发表《告台湾同胞书》。邓小平提出统一台湾的大政方针、基本立场和态度。中国人民解放军停止炮击金门等岛屿，实现两岸的真正停火；同年，中美建交，美国和台湾当局官方关系随之中断。美国宣布终止美台《共同防御条约》，但美国国会通过了所谓《与台湾关系法》，并经美国总统签署生效。1980年代，随着产业从农业发展到轻重工业、大众教育普及，台湾人均GDP超过六千美元，与香港、韩国、新加坡被经合组织列入新兴工业化社会，被称为“亚洲四小龙”，“台湾经济奇迹”威名远扬，股市指数曾高达万点。台湾当局成立新竹科学园区，大力鼓励中外厂商投资集成电路、电脑等高新技术产业，台湾中小企业也被电子产业的蓬勃发展所影响，此时台湾个人电脑主板产量因此位居世界第一。1989年末，台湾人口突破2000万大关。1992年，台湾人均生产总值突破1万美元，成为发达经济体。1970年代至1980年代，“党外运动”开始活跃并得到发展，要求国民党统治集团“解除戒严令”、“开放党禁、报禁”。在“党外运动”中，不少“台独”分子进行分裂祖国的活动，并发展成为民主进步党。1987年7月15日，蒋经国发布命令，宣布解除实行长达38年的“戒严”体制，随后更进一步开放“党禁”及报禁、各级权力机构的台湾民众“普选”、民众赴大陆探亲及与大陆经济、文化等方面的交流。台湾开始朝向所谓的“民主政治”发展，海峡两岸长期隔绝的状态也被打破。《动员戡乱时期临时条款》于1991年废除。
1990年，台湾成立办理海峡两岸交流所衍生的各项事务的民间组织海峡交流基金会，1991年，大陆成立海峡两岸关系协会。1992年，海协会和海基会达成海峡两岸均坚持一个中国原则的重要共识，即“九二共识”。1993年4月27日至4月29日，海峡交流基金会（即“海基会”）董事长辜振甫与海峡两岸关系协会会长汪道涵在新加坡举行会谈，是自1949年后两岸民间代表在获得中央政府和台湾当局授权下的首度正式接触。1996年，台湾举行首次领导人直选，中国国民党参选人李登辉当选。
2000年，在台湾地区领导人选举中，执政50余年的中国国民党败选，民主进步党执政，陈水扁当选。2001年，福建沿海实现与金门、马祖直接往来。2002年，台湾地区以“台湾、澎湖、金门及马祖个别关税领域”名义加入世界贸易组织。2004年，陈水扁获得连任。2008年，马英九当选台湾地区领导人，中国国民党再度执政；同年，海峡两岸实现直接通邮、通航、通商。2010年，台湾当局实施“县市改制”，是台湾地区从1950年起设置5市16县后，首度大规模进行行政区划调整，除原有的台北市外，原台北县单独改制，高雄县市、台中县市、台南县市合并改制，桃园县则在2014年改制，形成6个台湾当局“直辖市”、16个县市的行政区划。2012年，马英九连任台湾地区领导人。2014年，台湾的义务教育从9年延长到12年。2015年，海峡两岸领导人习近平与马英九在新加坡会面，这是1949年以来两岸领导人的首次会面。2016年，民进党的蔡英文当选台湾地区领导人。2020年，蔡英文连任台湾地区领导人。2022年11月26日晚间，蔡英文宣布辞去民进党党主席职务，以示对该党在台湾地区“九合一”选举中的表现负责。
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