1998年,受顾嘉辉与黄沾之邀复出参加“辉黄演唱会”,与香港众多歌星同台演唱。1999年新年夜,再次受邀参加顾嘉辉和黄沾的“千禧辉黄演唱会”。2000年3月10日-12日,由恒艺亚洲为甄妮复出所举办的“一份真演唱会”,于香港红磡体育馆创下百分百入座率的记录。4月,出版的个人专辑《一份真》在盗版猖獗的状况下,仍卖出近10万套;同月,担任在北京二十一世纪剧场举行的“凤凰卫视五周年音乐会”的表演嘉宾。2001年9月,在香港推出专辑《<有你有我>新歌加精选》,销量达白金。10月,巨星耀保良表演中,甄妮的歌曲《奋斗》击败当时流行歌曲,经票选成为香港人的最爱金曲。10月12日-15日,在香港红磡体育馆举办4场“有你有我演唱会”,四场平均票房均达9.5成。2000年-2007年,举行世界巡回演唱,足迹遍及美国东西两岸,加拿大,澳洲,马来西亚,新加坡,中国大陆,台湾及澳门。 2004年1月2日-3日,在台湾举行“红伶少女台北演唱会”,并推出专辑《红伶少女·33首新歌加精选》。1月8日晚,受邀为第十届全球华语音乐榜内地最佳男歌手奖颁奖。2004年5月及2006年11月分别在香港再举行各三场“sold—out演唱会”。8月14日,甄妮入行逾30年,举行歌迷聚会,跟近百歌迷联欢,一起合唱。2006年2月13日,在新加坡博览中心举办“甄情流露演唱会”,吸引了7000名歌迷前去捧场。4月,受邀为《同一首歌·走进加拿大》节目演唱歌曲《海上花》。6月,获邀为刘家昌于香港红磡体育馆所举办的7场“往事只能回味演唱会”作驻场演唱嘉宾。11月4日,“翡翠歌星贺台庆”特意安排了甄妮特别专场,以此向这位前辈歌手致敬,甄妮现场献唱。2007年2月11日,发布个人专辑《有你有我(新曲+精选)》。10月12日-14日,于澳门国际音乐节中联同澳门中乐团在澳门文化中心综合剧院举行一连三场的甄妮“真心爱你演唱会”。2010年4月,获邀为刘家昌于台湾台北小巨蛋举行的“往事只能回味告别演唱会”驻场演唱。5月,于香港红磡体育馆举行“甄妮爱SHOW Farewell World Tour演唱会”,此次演唱为甄妮告别个唱舞台的世界巡回演唱首站,尾场更获八十高龄的粤剧名伶白雪仙亲往捧场。2011年3月,专辑《甄藏17-银河经典重现》正式发布。9月12日,受邀参加中央电视台中秋晚会《江门月·中华情》,演唱歌曲《上海滩》。12月2日,香港电台宣布《第34届十大中文金曲》金针奖得主是甄妮。2012年1月7日晚,由谢贤为甄妮颁发香港乐坛最高奖项十大中文金曲金针奖,甄妮一连唱出多首曲目《明日话今天》、《海上花》、《爱定你一个》和《奋斗》。8月25日,出席在香港大球场举办的奥运金牌精英大汇演,演唱歌曲《鲁冰花》,并与奥运金牌国手同台演唱粤语歌曲《奋斗》。9月21日,做客深圳卫视娱乐节目《年代秀》,演唱歌曲《鲁冰花》。2013年2月18日-20日,甄妮“Love Show Farewell世界巡回演唱会”在香港红馆连开三场。8月17日,出席“世纪情歌世纪情巨星演唱会”,与欧阳菲菲压轴出场合唱《热情的沙漠》。12月6日-7日,在马来西亚云顶云星剧场举行两场的“MY EXCEPTION演唱会”(甄妮“非”演唱会),此次演唱会的一大特色就是由甄妮演绎其他歌手的歌曲,如《哭砂》《牵手》《江南》《黑色幽默》等歌曲。2014年3月9日-10日,在加拿大再开2场“MY EXCEPTION演唱会”(甄妮“非”演唱会)。4月24日-26日,在香港演艺学院一连举办三场“非·甄妮音乐会”,甄妮在音乐会上献唱多首歌曲。8月8日,发布音乐会原声大碟《非·甄妮音乐会》。8月23日-24日,在新加坡滨海湾金沙万事达大剧场,一连举办2场甄妮“MY EXCEPTION演唱会”(甄妮“非”演唱会)。8月30日-31日,作为嘉宾参加在香港红馆举办的纪念张耀荣的“演唱会之父·荣耀红馆·SHOW演唱会”,演唱歌曲《爱定你一个》和《明日话今天》。