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在古代文献中,大量的针灸治疗内容只是在病症下罗列穴名,没有处方和方义,对此杨长森从散在的文献记载中,寻找针灸处方和方义的依据,尤其是以《灵枢》时代针灸医家临床思维和规范为线索,以中药方剂学为借鉴,确立了理、法、方、穴的针灸临床辨证论治体系。最终在第一版全国统编教材《针灸学讲义》中增补了针灸处方和方义的内容,使之趋向完善。自1956年留任南京中医药大学针灸学教研组,担任教研组副组长起,杨长森一直在针灸专业本科教育和研究生教育等方面,倾注了大量的心血。尤其是上世纪80年代成立针灸专业后,担任针灸系主任,在针灸专业的本科教育和研究生教育方面,做了许多具体的工作,包括教学目标、课程体系的建立和逐步规范等。上世纪50年代末,组织主编了第一版高等中医院校针灸学教材—《针灸学讲义》;80年代又主编了第一版针灸学专业教材—《针灸治疗学》。还编著了《内经针灸选辑》等自编教材。杨长森认为,针灸疗效的高低,除辨证论治、立法处方是否正确外,还决定于针刺补泻手法是否正确。其次,上世纪50年代,承淡安、朱琏等从神经反射立论,将针刺手法简化为轻刺、重刺两种,言轻刺能兴奋,重刺能抑制。以轻弱刺激论针刺手法,与古代补泻手法的论述形成了鲜明的对比,也给教学、科研和临床应用带来一定混乱。针对这一局面,杨长森通过纵贯古今的研究,发现古今针刺补泻手法的原理是一致的,即轻刺则补,重刺则泻。但是,古法未免过于繁复,初学不易掌握,今法未免过于简略,势必降低疗效。因此,杨长森运用定性定量的方法,将古代的针刺补泻手法加以改进,使其理论深入浅出,赋予科学的解释,操作规范明确,易于推广应用。1989年经中国针灸学会组织专家鉴定,制成录像片向国内外发行,取得了较好的社会反响。