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1983年,王小云从山东省诸城第一中学毕业,考入山东大学数学系,先后获得学士(1987年)、硕士(1990年)和博士(1993年)学位,导师是数学家潘承洞院士。1993年,王小云博士毕业后留校任教,先后担任山东大学数学系讲师(1993年7月-1995年6月)、副教授(1995年7月-2001年6月)、教授(2001年7月)。2005年,获得国家自然科学基金杰出青年基金资助,同年入选清华大学“百名人才计划”。同年7月,受聘为清华大学高等研究中心杨振宁讲座教授。2006年,被聘为清华大学长江学者特聘教授。同年担任密码技术与信息安全教育部重点实验室主任。2011年,为中国科学院院士增选有效候选人。2017年5月,获得全国创新争先奖。8月增选为2017年中国科学院院士初步候选人。11月当选中国科学院院士。2018年1月29日,在天津市第十七届人民代表大会第一次会议上,王小云当选为天津市出席第十三届全国人民代表大会代表。4月14日,参加的中央电视台综合频道《开讲啦》“守护幸福”系列节目播出。