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1950年1月17日,李大鹏出生于浙江温州永嘉县。1969年4月至1973年3月,进入中国人民解放军第二十集团军。1973年3月至1974年9月,退伍后分配到浙江省中医院药剂科工作。1974年9月至1977年9月,在上海第一医学院药学系(现复旦大学药学院)学习,大学本科毕业。1977年9月至1996年11月,担任浙江中医药大学药物研究室主任。1996年12月,担任浙江中医药大学教授。2001年,当选俄罗斯联邦医学技术科学院外籍院士。2005年,当选俄罗斯联邦医学科学院外籍院士。2007年,当选中国工程院院士(医药卫生学部 )2019年,被聘为中国医学科学院学部委员。