阿雅·布雷亚寄生前夜

1997年12月24日，Aya参加卡耐基音乐大厅的歌剧表演，歌剧由Melissa Pearce领唱。演出过程中，在Melissa体内沉睡11年之久的Maya高级线粒体突然醒来，并让Melissa变成了Eve。Eve使人体自燃而杀死了音乐厅里的所有人，这就是Eve对人类的首次进攻。Eve的能力没有对Aya生效，反而让她获得了寄生能量。接下里的六天，就是Aya与Eve对战。Aya消灭的生物，也就是NMC，他们贯穿曼哈顿全城，并得到Melissa Pearce的力量的大力帮助。Aya随后得知自己拥有着一股强大的力量，这种力量来自于Maya的线粒体。但是线粒体不能像控制Melissa一样控制Aya，因为Aya体内拥有发达的细胞核。Aya也知道了姐姐在医院的最后时光。Aya与Eve在自由岛进行了最后一站。Eve最终被打败。这之后，Aya还要消除Eve的生命体Ultimate Being。在Daniel和邦彦前田的帮助下，Aya成功击败了生命体UB。Aya因为与线粒体的顽强斗争被政府视为英雄，虽然几乎没有市民知道Aya的丰功伟绩和整个事件发展的过程。事件过后，Aya和她的朋友们希望弥补在圣诞节当天的遗憾在一次去卡耐基音乐大厅听歌剧。这一次，Aya与在场所有观众的线粒体进行了交流，观众的眼睛顿时变为桃红色。结局的暗示被广大玩家讨论。一些人认为这就是为什么Eve告诉Aya“你不断的使用这种能力，总有一天你就会变成和我一样。”这种解释还是不恰当的。游戏中，如果玩家闯过克莱斯勒大厦，打败原生Eve，Aya就会失去她的线粒体力量（但还是会得到力量，一种是略弱的力量而结束游戏），因此，同样会再一次拯救观众和所有人类。

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