一张古老的星际地图，上面标记着精灵图鉴上所未知的特异精灵，吸引了两艘赛尔号飞船。小墨是赛尔号飞船上一名小小的机械师，并不热衷于星际探险和通过战斗收集精灵；但机缘巧合之下他却成了拯救赛尔号的英雄。罗杰船长为了寻找传说中的特异精灵，无意中发现了一艘全部漆成黑色的赛尔号；打算将特异精灵“拍成”照片的黑色赛尔号利用可复制任何能力无限分裂的占机械精灵击败了拍照片的赛尔号，所有的战士包括传奇精灵“雷伊”和舰长罗杰都成为了海盗美利图的俘虏。

宇宙海盗抓获了圣灵系神兽精灵迈尔斯，迈尔斯在被捕前将幻影宝石交给儿子蒙塔，将它送出幻影星。 圣灵系迈尔斯的求救惊动了远在赫尔卡星的雷伊，雷伊迅速做出了反应前往了幻影星。 被海盗追击的蒙塔闯入赛尔号，并意外帮助赛小息赢得赛尔号一年一度的精灵大师杯的选拔赛。得知蒙塔的身世后，赛小息决定和队友阿铁打、卡璐璐一起帮它救出爸爸迈尔斯，众人踏上寻找幻影星的旅程。

宇宙中的螺旋星系有颗美丽的星球——纳斯星，星球上有一种神奇的果实，一直保护着整个纳斯星的生态平衡。星球上的阿吉亚部落世世代代都守护着神之树，可是纳斯星上突然潜入了许多宇宙海盗，恰巧赛尔号上的先锋小队成员赛小息、阿铁打、卡璐璐途经此地，他们立刻加入了这场战斗。随着战况升级，四位超强精灵：雷神雷伊、夜魔之神布莱克、战神盖亚和诅咒之子卡修斯也加入了进来。

传说有一块魔石，能吸取天地能量。当魔石的能量吸收到一定程度，他将就拥有强大的能量。宇宙中有一位最好的工匠他知道魔石总有一天会作恶，于是用自己的心血和灵魂寻求克制魔石的方法，从此消失在众人的视野中。当魔石之战终于来临的时候，一只身着红色披风的精灵来到了赛尔先锋战斗小队的面前。当一切真相大白之后，他们一行人踏上了更加危险的旅程。

几经争战之后，战神联盟在赫尔卡星建立了一座“雷霆守护局”，守护三座圣塔和星球子民。某天，赫尔卡星突然出现一位巨型意外来客，伤害无辜精灵，企图摧毁城市。战神联盟火速集结，在调查幕后真凶的过程中，雷伊与大反派奥古斯塔博士相遇，交战中，雷伊发现了同胞哥哥的遇难之谜，但也中计受伤，被奥古斯塔激发体内的邪恶力量，陷入痛苦之中，终极一战之际，众战神受召唤雷伊重新崛起，力挽狂澜，击败邪恶，再次守护住了宇宙正义及万众子民的平安。

自从谱尼失踪后，海盗势力迅速扩张，而赛小息、阿铁打、卡璐璐再也没有完成一次像样的打击海盗的任务，于是三个英雄机器人风光不再，遭人唾弃。最终，三人落魄宇宙垃圾场做起清理垃圾的艰苦改造工作……这一晃就是10年，宇宙海盗在宇宙中兴风作浪，为所欲为。于是赛尔号船长重新召回赛小息、卡璐璐、阿铁打三人，并告诉他们谱尼其实还活在人间，这让赛小息等大为震惊。船长告诉赛小息他们谱尼离开前曾经给与他一把钥匙，只要在谱尼故乡万圣星找到圣灵峰，解开谱尼的生死劫，谱尼便可重生。于是赛小息等立刻出发去前往万圣星球，执行找寻谱尼的艰巨任务，可没想到的是这一情报却让海盗中的精灵捕手克拉卡获知，此人浑身带刺，阴险狡诈，对于抓到谱尼是他一生中最大的梦想。克拉卡为了抢夺赛小息手中的钥匙，一路追杀赛小息等人，不折手段。为了躲避克拉卡的追杀，一路上他们穿越森林，漂流险滩，与猛兽和恶狼搏斗，总之是历经了艰险，终于他们到达了目的地——圣灵峰。可是大反派克拉卡也赶到了圣灵峰，一场守护和掠夺的生死大战开启，最后谱尼一副王者归来的架势打败了克拉卡，赛小息等完成了他们的使命。

赛尔号上的阿铁打在执行维修飞船任务时，突然遭遇到了星球爆炸，阿铁打没能躲过爆炸的碎片，之后就消失在了漆黑的太空中。所有人都认为阿铁打已经殉难，可是在另一个荒无人烟的星球上，阿铁打却奇却迹般的活了下来……

宇宙破坏大王研制了PM2.5（毒气炸弹）地球环境不断恶化……破坏大王即将统治整个地球!这个时候次品机器人赛小息在天才宝贝精灵的指引下，得知找到“金、木、水、火、土”五星并将它们联合在一起才能打败破坏大王拯救地球，而五星上分别住着5个精灵，他们各自有自己的本领，但各自又有不同的缺点。赛小息利用智慧和毅力一一克服了他们的骄傲、自卑、不团结和自私等这些缺点，成功让五星连珠，打败破坏大王拯救了地球。

公元2110年，地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号。赛尔号肩负着为地球寻找新能源的重大使命，为守护宇宙和平而战。这一次赛小息一行人意外地来到了逆行世界，在这里往左就是往右、起立就是坐下，找回钥匙是恢复一切的关键。而他们不仅要克服种种不适应，更要面对未知的敌人，同时一路上还有多方势力也盯着钥匙，重重困难下他们一行人能否找回失落的关键钥匙让世界恢复本来的样子。