明朝末年,皇帝朱常洛(刘文治饰)老来得子,是为皇三子朱由校(文章饰),此时锦衣卫校尉杨天石(谭凯饰)接到线报:“刺客入宫”,迅即入宫侍卫,谁知潜入宫禁暗杀三皇子者竟是杨结拜兄弟之一萧云天,杨天石拼死护救,皇子生母仍被杀,萧亦自尽。现场线索发现,杀手竟为皇嫡子朱由检生母、当朝皇后所派。老皇帝悲恨之余,欲立朱由校为太子,遭首辅杨涟强烈反对,皇帝遂徙杨涟,并命杨天石鸩杀皇后,但杨天石却对皇长子朱由桤(李强饰)及锦衣卫指挥使钱仕达心生疑惑。锦衣卫(10张)藩邸江南的朱由检秘密秣马厉兵,收服与朱由校有杀父之仇的锦衣卫钱宁为其所用。得知朱由校皇子即将诞生,即派先前诈死的萧云天前去行刺,胎儿母子俱死,萧亦死于魏忠贤及其东厂之手,天石及钱宁十分悲痛。朱由校得知皇兄朱由检阴谋,亲率锦衣卫大军讨伐江南,但心中念念不忘者,仍是淫念太深的对象客印月。朱由检遂利用客印月,引诱朱由校身陷信王府,以巨金购置的西洋火炮将王府炸成废墟。朱由校死后,朱由检即位,是为明朝最后一代皇帝崇祯。千钧一发之际,竟是终生唯利是图的钱宁救了杨天石和客印月一家人的命,这个生前的花花公子,临难之际,壮怀激烈。锦衣卫作为宫廷侍卫军,法外之法的刑讯机构,即在君主绝对专制的中国封建社会,亦属独一无二。本剧三位锦衣卫,萧天云惟命是从,钱宁唯利是从,杨天石惟情是从,纠缠着明末天下第一美女客印月的爱恨情仇,伴随着三代皇帝父子兄弟相残的血雨腥风,演出了一曲抗争政治黑暗、寻觅真情良知的旷世悲歌。